Przypomnijmy, że w październiku 2005 r. nowojorska organizacja Human Rights Watch (HRW) oraz dziennik „The Washington Post” ujawniły, że w toku współpracy służb specjalnych USA z ich sojusznikami mogło dochodzić do rażącego naruszania podstawowych praw człowieka, w tym zakazu tortur i nieludzkiego traktowania. Jako państwa najbardziej zaangażowane w potencjalnie nielegalne działania wymieniono Polskę i Rumunię.
Najbardziej intensywne działania wyjaśniające podjęło Zgromadzenie Parlamentarne Rady Europy, które upoważniło jednego z deputowanych, szwajcarskiego senatora Dicka Marty’ego, do przeprowadzenia dochodzenia. Jego rezultatem był raport ogłoszony w czerwcu 2006 r. Wynika z niego, że w latach 2002 – 2005 polska przestrzeń powietrzna, lotnisko w miejscowości Szymany k.Szczytna oraz ośrodek szkoleniowy polskich służb wywiadowczych w Starych Kiejkutach mogły być wykorzystywane przez Centralną Agencję Wywiadowczą Stanów Zjednoczonych do transportu osób podejrzewanych przez władze amerykańskie o działalność terrorystyczną oraz do przesłuchiwania i przetrzymywania tych osób. W tym samym raporcie senator Marty podkreślił, że nie zostały ujawnione wyniki parlamentarnego dochodzenia prowadzonego przez sejmową Komisję ds. Służb Specjalnych, czego nie można pogodzić z pozytywnymi obowiązkami państwa dotyczącymi przeprowadzenia wiarygodnego śledztwa w sprawach domniemanych naruszeń praw człowieka. Polscy przedstawiciele zasiadający w Zgromadzeniu Parlamentarnym Rady Europy zdystansowali się od podejrzeń zawartych w raporcie oraz przekazali w imieniu rządu deklarację, że polskie służby specjalne nie podejmowały w toku współpracy antyterrorystycznej z USA żadnych działań naruszających prawo.
Helsińska Fundacja Praw Człowieka podejmowała starania w celu wyjaśnienia stanowiska polskich władz w sprawie tzw. tajnych lotów CIA. Szczególnie istotne wydaje się uzyskanie informacji na temat przebiegu i szczegółowych wniosków z działań wyjaśniających prowadzonych przez rząd i Sejm RP. W odpowiedzi skierowanej do HFPC przez Kancelarię Prezesa Rady Ministrów w imieniu premiera odmówiono nie tylko podjęcia dalszych działań wyjaśniających zarzuty pod adresem Polski, ale także ujawnienia informacji przekazanych przez rząd sejmowej Komisji ds. Służb Specjalnych.