Instytuty medyczne to jednostki badawczo-rozwojowe, które podlegają ustawie z 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych (DzU z 2001 r. nr 33, poz. 388, dalej ustawa o jbr).
Czas pracy w tych jednostkach zależy od grupy zawodowej (art. 56 ustawy o jbr). Dla pracowników naukowych wynosi on sztywno 40 godzin na tydzień. U zatrudnionych na stanowiskach robotniczych, obsługi, kierowców oraz pracowników ochrony stosuje się w całości regulacje czasu pracy z kodeksu pracy lub ustawy z 16 kwietnia 2004 r. o czasie pracy kierowców.
Natomiast w odniesieniu do pracowników medycznych od kilku lat trwa dyskusja, czy ich czas pracy to siedem godzin 35 minut na dobę oraz 37 godzin 55 minut przeciętnie na tydzień, czy osiem godzin na dobę i 40 godzin przeciętnie w tygodniu. Rozbieżności pojawiają się z powodu bałaganu legislacyjnego. W art. 56 ust. 2 ustawy o jbr znajdujemy bowiem odesłanie do odpowiedniego stosowania przepisów o czasie pracy pracowników służby zdrowia. Dotyczy to jednak tylko jbr nadzorowanych przez ministra zdrowia, o których mowa w art. 36 ust. 3 ustawy o jbr. Problem w tym, że art. 36 ust. 3 ustawy o jbr został skreślony w 2001 r., a dawał on kompetencje ministrowi zdrowia do określania charakteru oraz zakresu działalności leczniczej, profilaktycznej i diagnostycznej oraz do określania zasad wynagradzania za taką działalność. Od tamtej pory nie zmieniono jednak art. 56 ust. 2 ustawy i różne interpretacje, jak stosować te przepisy, nie ułatwiają życia dyrektorom jbr.
Ministerstwo Zdrowia kilkakrotnie zmieniało zdanie na ten temat. Przez dłuższy czas podobnie jak Państwowa Inspekcja Pracy uważało, że w szpitalach prowadzonych przez jbr powinny być stosowane przepisy o czasie pracy wynikające z ustawy o zakładach opieki zdrowotnej. Jednak w 2007 r. resort zajął stanowisko, zgodnie z którym:
- tygodniowa norma czasu pracy pracowników medycznych zatrudnionych w jbr to 40 godzin – w myśl art. 56 ust. 1 ustawy o jbr,