Miała jedną kondygnację. Początkowo składała się z dwuizbowych mieszkalnych segmentów (eremów). Wejścia do nich wiodły od ulicy. Od południa przylegało do nich duże pomieszczenie, prawdopodobnie sala zgromadzeń. Mieszkania zakonników były wyjątkowo starannie wykończone. Podłogi stanowiły posadzki z zaprawą wapienną. Ściany, tynkowane wapnem, w górnej części zdobione były malowidłami oraz napisami. Ich ślady przetrwały w rumowisku po pożarze i dlatego są zbyt fragmentaryczne, aby je odczytać.
W każdym pomieszczeniu wykute były dwie lub trzy nisze zwieńczone półkolistymi sklepieniami, przy czym główne stropy pomieszczeń przykrywały elementy drewniane – belki i deski.
W tej postaci klasztor pozostawał aż do pożaru, który strawił go w X wieku. Po tym kataklizmie zamurowano wejścia od ulicy, a odbudowane pomieszczenia połączono z nowymi, dobudowanymi od strony południowej. Zmianie uległo wtedy także wnętrze klasztoru, zamiast dwuizbowych, powstały pomieszczenia czteroizbowe.
Archeolodzy sądzą, że jedno z nich zajmował ktoś ważny dla klasztoru, pełniący w nim ważne funkcje, ponieważ znaleźli w nim cenne przedmioty, między innymi brązowy wiszący świecznik i brązową lampę kandelabrową, brązowe lustro zawieszane na ścianie i misternej roboty brązowe okucia dużej drewnianej szkatuły.
O znaczeniu klasztoru świadczy niecodzienne znalezisko: 13 złotych arabskich monet z X wieku. – Ze średniowiecznych dokumentów wiadomo, że za te monety można było kupić w tamtym czasie dwie wille z ogrodami w oazie Fajum. Te monety to już był pokaźny majątek. A przecież mamy prawo przypuszczać, że mnisi z Naqlun posiadali więcej monet – uważa prof. Włodzimierz Godlewski.
