Jego literackim debiutem było zamieszczone na łamach „Nowej Kultury" opowiadanie „Kwadratowy" (1957 rok) . Późniejsze zbiory to „Ten stary złodziej" oraz „Benek kwiaciarz". Ukazywały barwne życie ludzi odrzuconych przez „ normalne" społeczeństwo. Bohaterami byli przedstawiciele tzw. półświatka: paserzy, prostytutki, doliniarze, lumpy. Charakteryzowali się zwykle okrucieństwem, ale też respektowali własny kodeks postępowania, zasad i kierowali wewnętrzną solidarnością.
W następnych utworach „Trampolina" „Mizerykordia", „Układ zamknięty", czy „Śmierć żółwia" Nowakowski poszerzył krąg bohaterów o tzw. ludzi przeciętnych, zwykłych. Bohaterami stali się urzędnicy, drobni sklepikarze wiodący swój, wydawałoby się, szary żywot. Świetnie dostrzegali w nim absurdalność otaczającej rzeczywistości. Nie stronili od alkoholu, nie byli wolni od pewnych obsesji. Nowakowski potrafił opisywać ich tak, że wzbudzali zainteresowanie, sympatie, często wręcz przekonywali do swoich, czasem kontrowersyjnych racji.
Najbardziej głośnym opowiadaniem lat 70. ub wieku było „Wesele raz jeszcze" pisarz, wykorzystując motyw arcydzieła Stanisława Wyspiańskiego przeniósł je w realia współczesnej polski epoki Gierka.
Europejski rozgłos zapewnił Nowakowskiemu powstały w latach 1982-1984.tom "Raport o stanie wojennym". Autor portretując codzienne życie obywateli – ukazał proces historyczny, w wyniku którego całe społeczeństwo znalazło się na marginesie totalitarnego państwa.
Następne ważne tomy to "Portret artysty z czasów dojrzałości" (1987), "Karnawał i post" (1989) oraz "Bożydar" (1993), autor ulokował w nich siebie na peryferiach społecznych, izolując od wszelkiego zaangażowania i powierzając literaturze rolę przekazicielki prawd najbardziej drażliwych - samotności twórcy,