Zgodnie z wcześniejszymi zapowiedziami aneksy określają precyzyjne reguły postępowania w kwestii pomocy ofiarom, dochodzenia wobec kapłanów oskarżanych o akty pedofilii oraz zasady formacji przyszłych kapłanów.
Aneks pierwszy dotyczy ofiar przestępstwa. Określono w nim konkretne formy pomocy duchowej i psychologicznej, jaką zobowiązany jest zapewnić biskup, który jest przełożonym oskarżanego kapłana, ofierze oraz jej rodzinie. Pomoc ta powinna rozpocząć się natychmiast po tym, gdy osoba molestowana przez kapłana zgłosi to w kurii.
W kolejnym aneksie zapisano procedury postępowania, które mają obowiązywać w tzw. wstępnym dochodzeniu kanonicznym wobec oskarżanego duchownego. Dochodzenie to rozpoczyna się od przyjęcia zgłoszenia, badanie faktów, zbieranie dowodów. Aneks nakłada także na biskupów obowiązek powołania dla wyjaśnienia sprawy specjalnej komisji. Prócz tego osoba składająca zawiadomienie musi być poinformowana o tym, że postępowanie kanoniczne jest jedynie postępowaniem wewnątrzkościelnym, które nie ma żadnego przełożenia na obowiązujące w Polsce przepisy prawa. Ofiara molestowania musi zostać także poinformowana o tym, że ma prawo zgłoszenia przestępstwa władzom cywilnym.
Aneks ten traktuje również o sposobach traktowania duchownego wobec którego wszczęto dochodzenie kanoniczne. Biskup może zawiesić go w obowiązkach duszpasterskich, ale powinien też zapewnić mu mieszkanie oraz opiekę psychologiczno-terapeutyczną.
Po potwierdzeniu wiarygodności zgłoszenia dokumentacja sprawy winna zaś trafić do Watykanu, który ma decydować o dalszym postępowaniu.
