Kiedy w 2004 r. kardynał Józef Glemp po 23 latach przewodniczenia polskiemu Kościołowi nie mógł już ubiegać się o kolejną kadencję, biskupi zdecydowali, że nowym przewodniczącym episkopatu zostanie abp Józef Michalik. Metropolita przemyski – wówczas od czterech lat wiceszef episkopatu – wzbraniał się przed tym.
– To jest typowa funkcja służebna, z którą łączy się bardzo niewielka władza, ale za to dużo obowiązków – mówił tuż po wyborze. – Nie mam autorytetu tego historycznego urzędu prymasa – nie mam też za sobą cierpień prymasa Wyszyńskiego czy doświadczenia prymasa Glempa – dodawał.
Od tego momentu za abp. Michalikiem zaczęli podążać dziennikarze. Był wielokrotnie krytykowany. Określano go jako twardogłowego konserwatystę. Dlatego, gdy na początku 2009 r. upływała jego kadencja, pojawiły się głosy, że nadszedł czas na zmianę warty w episkopacie. Ale biskupi wybrali go ponownie.
– Nie ukrywałem nigdy, że widziałem się w tej roli tylko jedną kadencję – mówił wtedy, wyjaśniając, że jeszcze przed wyborami spakował swoje rzeczy w sekretariacie Konferencji Episkopatu Polski i prosił biskupów, by nie wybierali go ponownie. Zgodził się przyjąć kolejny wybór przez szacunek dla innych biskupów i z miłości do Kościoła.
– Gdybym dążył do tego, żeby mieć tzw. święty spokój, to pewnie nie zgodziłbym się na ten wybór. Ale mi nie zależy na świętym spokoju. Ja nie boję się konfrontacji. Nie boję się narazić komukolwiek – tłumaczył. – Mam już ponad 70 lat i nie mam nic do stracenia. Przecież moje stanowisko wymaga tego, żeby głośno mówić ludziom prawdę, a ponieważ nie wszystkim się to podoba, często jestem atakowany – dodawał.