Spór w sprawie powstał po tym jak miasto wystąpił o interpretację podatkową. Konkretnie chodziło o to czy miasto na prawach powiatu do scentralizowanych rozliczeń VAT powinno włączyć wszystkie jednostki budżetowe – w tym te, które nie zostały przez miasto utworzone – czy też niektóre z nich powinny nadal rozliczać się odrębnie.
Miasto uważało, że od 1 stycznia 2017 r. wszystkie jednostki budżetowe nie powinny być traktowane jako odrębni podatnicy VAT, ale być włączone do scentralizowanych rozliczeń VAT. Jednostki budżetowe miasta spełniają bowiem wszystkie warunki i przesłanki przesądzające o tym, że nie wykonują one w sposób samodzielny działalności gospodarczej.