Beneficjenci, którym zarzucono nieprawidłowości w związku z realizacją projektów unijnych często zastanawiają się, czy chcąc kwestionować ustalenia dokonane przez kontrolujących na etapie audytu lub kontroli, powinni jednocześnie dokonać zwrotu otrzymanego wcześniej dofinansowania. Dylemat ten jest o tyle zrozumiały, że zgodnie z art. 207 ust. 1 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych, nieprawidłowo wykorzystane środki przeznaczone na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich podlegają zwrotowi wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków, w terminie 14 dni od dnia doręczenia ostatecznej decyzji administracyjnej orzekającej ich zwrot.