Wykopaliska przeprowadziło British Museum. W ich toku odkryto ponad 10 000 artefaktów świadczących o potędze miasta i wystawnym życiu jego mieszkańców. Przez długie wieki Naukratis pełniło bowiem rolę węzła komunikacyjnego łączącego Egipt i Grecję.
Miasto, jedyną grecką kolonię w Egipcie faraonów, odkrył w 1884 roku brytyjski egiptolog sir William Flinders Petrie. Założono je prawdopodobnie w VII-VI wieku p. n. e. w delcie Nilu nad jego zachodnią odnogą, ok. 70 kilometrów od otwartego morza. Przez długi czas uważano, że Naukratis było stosunkowo niewielką osadą, a towary przewożono na barkach rzecznych i dopiero później przeładowywano na większe statki.
Najnowsze wykopaliska prowadzone przez dr. Rossa Thomasa przyniosły kilka zaskakujących odkryć. Po pierwsze — Naukratis było dwukrotnie większe niż początkowo myślano — zajmowało ok. 60 hektarów. Mieszkało w nim ok. 16 tys. ludzi. Wśród znalezisk są i takie, wskazujące na istnienie trzy-, a nawet sześciopiętrowych budynków oraz wielkich kompleksów świątyń.
- To były wysokie wielopiętrowe domy, podobne w konstrukcji do tych, które można do dziś spotkać w Jemenie — tłumaczy dr Thomas. — Wyobraźcie sobie Manhattan z cegieł mułowych, z wieloma wysokimi budowlami, świątyniami, z charakterem wielkiego kosmopolitycznego ośrodka miejskiego. Zdaniem naukowca, Naukratis było „Hongkongiem swojej ery".
Naukowcy odkryli również fragmenty pełnomorskich statków greckich, co świadczy o tym, że jednostki te zawijały do miejskiego portu. A to znaczy, że sam port był większy, niż wcześniej sądziliśmy. — To wyjątkowo rzadkie znaleziska — mówi dr Thomas. — A to, że znalazły się w głębi Egiptu jest nadzwyczajne. Wcześniej uważaliśmy, że statki stawały u wybrzeży Morza Śródziemnego, a towary wyładowywano na mniejsze jednostki. A teraz widać, że statki pełnomorskie docierały aż do tego miejsca.