Dotychczasowi aplikanci po zdanym egzaminie sędziowskim, przystępując do konkursu na wolne stanowisko sędziowskie, będą się musieli legitymować trzyletnim zatrudnieniem na stanowisku referendarza sądowego w pełnym wymiarze czasu pracy lub czteroletnim na stanowisku asystenta sędziego. Oznacza to, iż aplikant sądowy, który rozpoczął aplikację w październiku 2007 r., przystąpi do egzaminu sędziowskiego w październiku 2010 r., a w konkursie na wolne stanowisko sędziowskie będzie mógł wziąć udział najwcześniej w listopadzie 2013 r. lub listopadzie 2014 r. Natomiast aplikanci, którzy rozpoczną szkolenie w Krajowej Szkole w 2009 r., będą się mogli ubiegać o wolne stanowisko sędziowskie w tym samym czasie, co sprawia, że szanse „niepełnowartościowych” aplikantów szkolonych na starych zasadach nikną. Absolwenci aplikacji sądowej i obecni aplikanci, którzy podjęli trud odbycia szkolenia i przystąpienia do egzaminu sędziowskiego, staną zatem na pozycji przegranej wobec absolwentów Krajowej Szkoły, a ich droga do zawodu sędziego okaże się ślepym zaułkiem.
Kontrowersyjna jest także propozycja uzależnienia długości stażu na stanowisku asystenta sędziego od wymiaru czasu pracy. Dotknie ona choćby osób łączących zatrudnienie na stanowisku asystenta sędziego lub referendarza z dziennymi studiami doktoranckimi. Osoby te w myśl art. 200 ust. 4 ustawy z 27 lipca 2005 r. – Prawo o szkolnictwie wyższym (DzU nr 164, poz. 1365 ze zm.) nie mogą podejmować zatrudnienia w pełnym wymiarze czasu pracy, więc będą mogły przystąpić do egzaminu sędziowskiego i ubiegać się o wolne stanowisko sędziowskie dopiero w czasie wydłużonym proporcjonalnie do wymiaru czasu pracy, czyli znacznie bardziej odległym od zatrudnionych na stanowisku asystenta sędziego czy referendarza w pełnym wymiarze czasu pracy. Kwestia ta wprawdzie nie dotyka znacznej grupy osób, ale jest istotna, bo burzy wypracowany model łączenia drogi naukowej z praktyką. Aplikacja sądowa w proponowanej formie będzie bowiem trudna lub wręcz niemożliwa do połączenia z pracą naukową, choćby ze względów logistycznych.
Wprawdzie projekt przewiduje możliwość podjęcia przez aplikanta zatrudnienia na stanowisku dydaktycznym, naukowo- dydaktycznym lub naukowym, ale równocześnie daje dyrektorowi Krajowej Szkoły możliwość wyrażenia wiążącego sprzeciwu. Opcja sprzeciwu przypuszczalnie nie będzie jedynie martwą literą prawa, ponieważ aplikant odbywający dzienne studia doktoranckie na uniwersytecie oddalonym od ośrodka szkoleniowego nie będzie miał szans uczestniczyć w pełnym wymiarze w szkoleniach aplikacyjnych prowadzonych w trybie ciągłym i zajęciach na uczelni, co dziać się będzie ze szkodą dla obu przedsięwzięć. Będzie więc zmuszony do dokonania dramatycznego wyboru, który zawsze doprowadzi go do rezygnacji z jednej ze ścieżek.
Nie przewidziano również opcji przystąpienia do egzaminu sędziowskiego bez dodatkowych kryteriów przez osoby z tytułem naukowym doktora nauk prawnych, choć rozwiązanie takie istnieje w przypadku egzaminu adwokackiego, radcowskiego czy notarialnego. Osobom zatem pragnącym łączyć pracę naukową z praktyczną zwieńczoną przystąpieniem do konkursu na stanowisko sędziowskie możliwość taką projektodawcy niemal odebrali.