Postępowanie kontrolne przestrzegania przepisów o ochronie danych osobowych może być wszczęte, jeżeli PUODO poweźmie informację o możliwej nielegalności przetwarzania danych osobowych, np. na podstawie indywidualnej skargi bądź także w ramach monitorowania przestrzegania rozporządzenia lub na podstawie planów kontroli sektorowych, które określają konkretne branże kontrolowane w danym roku. Podczas kontroli podmiot kontrolowany powinien współpracować z kontrolerami. Za udaremnianie lub utrudnianie kontrolującemu prowadzenia kontroli grozi odpowiedzialność karna na gruncie art. 108 u.o.d.o.