Sukcesy Rosji i liczne doniesienia o antyosmańskich ruchach niepodległościowych na Bałkanach spowodowały, że Ormianie zamieszkujący tzw. Armenię Zachodnią zaczęli wysuwać żądania autonomii. Ludność ormiańska liczyła w roku 1890 ok. 2,6 mln osób i była zorganizowana w 3 milletach: Apostolskim Kościele Ormiańskim, Kościele katolickim obrządku ormiańskiego i najmłodszym, bo powstałym w XIX w., Ormiańskim Kościele Ewangelickim. Patriarchowie stojący na czele milletów decydowali o sprawach religijnych i świeckich swoich społeczności. Reprezentowali naród także wobec władz osmańskich. Oprócz ormiańskiego istniał jeszcze millet grecki i żydowski. Na początku XVIII w. taki sposób organizacji i funkcjonowania narodów nieislamskich w Imperium Osmańskim budził zainteresowanie i podziw w Europie Zachodniej. Półtora wieku później był on odbierany jako archaiczny i brutalny.
Krwawa pacyfikacja Ormian
W 1876 r. były turecki gubernator Bułgarii Midhat Pasza doprowadził do obalenia sułtana Abd-ul-Aziza i osadzenia na tronie skłonnego do reform Abdülhamida II. Nowy sułtan zgodził się na powołanie parlamentu oraz uchwalenie konstytucji. Szukając przeciwwagi dla Rosji, sułtan Abdülhamid II skierował swą uwagę na niedawno powstałą II Rzeszę Niemiecką. Zapraszani niemieccy specjaliści rozpoczęli naprawę finansów imperium, a oficerowie cesarskiej armii Wilhelma II przystąpili do reorganizacji osmańskich sił zbrojnych. Klęska armii osmańskiej w wojnie rosyjsko-tureckiej i bezpośrednie zagrożenie Konstantynopola sprawiły, że wśród Ormian zaczęło narastać przekonanie o postępującej słabości imperium, szczególnie we wschodnich prowincjach Armenii Zachodniej. Wysunięty przez Ormian postulat nadania im silnej autonomii politycznej został odebrany jako dywersyjna próba osłabienia Turcji w wojnie z Rosją. Sułtan dostrzegł okazję, aby oskarżyć Ormian o brak lojalności i usunąć ich ze wschodnich wilajetów, które miały być skolonizowane przez ludność rdzennie turecką i kurdyjską. Zajmowanie ziemi przez osadników muzułmańskich oraz mnożące się restrykcje gospodarcze spowodowały bunt ludności ormiańskiej. Powstania były krwawo i bezwzględnie pacyfikowane przez armię turecką. W mordowaniu Ormian szczególnie wydatną i okrutną rolę odgrywały konne bojówki Kurdów. Powstawały one z zachęty samego sułtana Abdülhamida II. Polityk i pisarz rumuński ormiańskiego pochodzenia Varujan Vosganian twierdził, że krwawe pogromy jego rodaków w Anatolii trwały już od 1885 r. i stopniowo pochłonęły życie około 200 tys. Ormian. Wydarzenia z lat 1894–1895 stały się wstępem do późniejszej gehenny narodu ormiańskiego.
15 października 1895 r. w mieście Ufa w prowincji Aleppo bojówki kurdyjskie zamknęły w katedrze 3 tys. chrześcijan i spaliły świątynię wraz z ludźmi. Po zasłanych ormiańskimi trupami ulicach miasta krążyły bandy Kurdów. Leżącym na ziemi, związanym Ormianom podrzynano gardła przy wtórze recytacji wersetów Koranu. W czasie tej ,,operacji" oprawcy mieli zalecone zabijanie Ormian na wzór rytualnego uboju owiec dokonywanego podczas pielgrzymki do Mekki. Nim skończył się dzień, na ulicach Ufy leżało 7 tys. zakrwawionych ciał. Kiedy do miasta Samsun wysłane zostały oddziały wojska tureckiego, części ormiańskiej ludności udało się uciec w góry. Wymordowano wszystkich, którzy nie zdążyli zbiec. W tym samym roku w mieście Erzerum Turcy zamordowali około 60 tys. Ormian; zburzonych zostało 500 ormiańskich kościołów. Mieszkańcy miasta Zejtun, przeczuwając swój nieuchronny los, postanowili stawić armii tureckiej czynny opór. Dysponując 600 karabinami starego typu i dwiema armatami, zdołali odeprzeć trzy szarże tureckiej kawalerii.
Regularne pogromy Ormian spowodowały gwałtowną reakcję europejskiej opinii publicznej. Rząd sułtana Abdülhamida II ogłosił nowy pakiet reform zwanych Hamidiye. Nie zostały one jednak nigdy zrealizowane. W tym czasie w Konstantynopolu 2 tys. Ormian demonstrowało na rzecz poprawy sytuacji swoich rodaków w całej Anatolii. Policja turecka w sposób bezwzględny i krwawy rozprawiła się z demonstrantami, a pogromy i masakry w prowincjach Bitlis, Diyarbakir, Erzeru, Harput, Sivas, Trazbon i Wan zakończyły się śmiercią ponad 100 tys. Ormian. Wydarzenia te przeszły do historii pod nazwą masakry Hamidian. 26 sierpnia 1896 r. w rozpaczliwym proteście wobec rzezi Ormian oddział 25 mężczyzn pod dowództwem 23-letniego Armena Garo dokonał zajęcia Banku Osmańskiego w Konstantynopolu. Celem zamachowców miało być wysadzenie w powietrze gmachu banku, w którym znajdowały się skarby i depozyty nie tylko sułtana, ale także mocarstw zachodnich. W obliczu takiej groźby sułtan wydał rozkaz powstrzymania krwawych pacyfikacji ludności ormiańskiej, a zamachowcy zostali ewakuowani do Marsylii prywatnym jachtem dyrektora banku sir Edgara Vincenta. Wydarzenia te zwróciły uwagę opinii publicznej państw zachodnich na narodowe aspiracje wspólnot ormiańskich zamieszkujących Imperium Osmańskie.
Ostateczne rozwiązanie
W lipcu 1908 r. w Salonikach doszło do zamachu stanu, którego dokonali oficerowie z Ruchu Młodych Turków. Dążąc do przeprowadzenia reformy państwa osmańskiego, siły republikańskie zmusiły sułtana do abdykacji. Wieść o obaleniu krwawego monarchy wzbudziła nadzieje mniejszości narodowych zamieszkujących Turcję: Arabów, Greków, Bułgarów i Ormian. Rozpoczynające się rządy Młodych Turków wzbudziły nadzieję na radykalną poprawę losu. Tymczasem siły, które obaliły sułtana, nie były jednolitym blokiem liberałów, którzy dążyli do demokratycznych zmian i przyznania równych praw wszystkim mniejszościom narodowym. Do władzy doszli też wojskowi, którzy fanatycznie wierzyli w idee panturkizmu, a więc stworzenia jednolitego narodowościowo, laickiego państwa zrzeszającego wszystkie plemiona turańskie. Właśnie ta idea stała się w latach I wojny światowej pożywką dla wyjątkowo krwawych czystek etnicznych, które dotknęły mniejszość ormiańską. Obok aktywistów przekonanych o konieczności reform istniały w armii grupy wojskowych o konserwatywnych poglądach, a także studentów teologii islamskiej żądających powrotu do władzy obalonego sułtana i przywrócenia w państwie prawa szariatu. Pierwsze rozczarowanie nadeszło 13 kwietnia 1909 r., kiedy w prowincji Adana zostało zabitych ponad 15 tys. Ormian. Klęska Turcji w I wojnie bałkańskiej ugruntowała przekonanie tureckich wojskowych, że Ormianie są V kolumną w ich państwie. W 1913 r. władza w kraju przeszła w ręce młodotureckiego triumwiratu, na którego czele stanęli: Mehmet Talaat jako minister spraw wewnętrznych, Ismaił Enwer (minister wojny) i Ahmed Dżemal (minister marynarki). Świat stanął u progu I wojny światowej, a tajne negocjacje młodoturków zakończyły się aliansem z cesarstwem Wilhelma II. Po początkowych sukcesach, a potem klęskach w Syrii i Iraku, młodoturecki triumwirat podjął decyzję o ostatecznym rozwiązaniu problemu ormiańskiego.
W telegramie z września 1915 r. Talaat Pasza tak pisał o planach rządu: „Już wcześniej zostało zakomunikowane, że rząd zdecydował o całkowitej eksterminacji wszystkich Ormian zamieszkałych w Turcji. (...) Bez względu na to, że znajdują się wśród nich kobiety, dzieci i chorzy, jakkolwiek tragiczne będą środki tej eksterminacji, bez słuchania głosu sumienia należy położyć kres ich egzystencji. (...) Ci, którzy sprzeciwią się temu rozkazowi, nie mogą być urzędnikami państwowymi". Dla armii, władz centralnych i zarządców prowincji był to jasny i czytelny rozkaz – Ormianie muszą być wymazani z kart historii. Wszyscy, nawet najmniejsze dzieci. Kolejny etap zagłady rozpoczął się w mieście Bitlis, gdzie szef lokalnej administracji tureckiej kazał uwięzić i spalić żywcem tysiąc Ormian, czyniąc z tego widowisko dla zgromadzonych tam muzułmańskich obywateli miasta. Za odmowę przejścia na islam zamordowano biskupa Ignacego Malojana i 12 kapłanów.
