Największe zastrzeżenia KRRP budzą zapisy dotyczące statusu sędziów Trybunału oraz procedury rozpatrywania spraw zawisłych przed Trybunałem Konstytucyjnym.
Jeśli chodzi o status sędziów TK, to wątpliwości budzi przede wszystkim przepis, zgodnie z którym „stwierdzenie wygaśnięcia mandatu sędziego Trybunału Konstytucyjnego w przypadku skazania go prawomocnym orzeczeniem dyscyplinarnym na karę usunięcia ze stanowiska miałoby być uzależnione od uprzedniej zgody Prezydenta Rzeczypospolitej, wyrażonej w formie postanowienia, na wniosek Zgromadzenia Ogólnego, skierowany do Prezydenta RP w postaci uchwały."
W swojej opinii KRRP zauważa, iż taka konstrukcja nawiązuje do koncepcji wyposażenia Głowy Państwa w kompetencje umożliwiające jej ingerowanie w przebieg i skutki postępowania dyscyplinarnego, wyrażonej uprzednio w nowelizacji ustawy o Trybunale Konstytucyjnym z grudnia 2015 r., a zakwestionowanej w wyroku Trybunału z 9 marca 2016 r. (sygn. K 47/15). Jak czytamy, w porównaniu do rozwiązań uznanych za niekonstytucyjne, umożliwiających Prezydentowi RP (i Ministrowi Sprawiedliwości) inicjowanie wszczęcia postępowania dyscyplinarnego wobec sędziego Trybunału, obecna propozycja wyposaża Głowę Państwa w jeszcze mocniejszy instrument ingerencji w sferę funkcjonowania Trybunału w tym zakresie. - Przyznaje bowiem Prezydentowi nieznaną współczesnym demokratycznym systemom rolę swoistego „superarbitra" w sądowym postępowaniu dyscyplinarnym, który względem sędziego skazanego przez Trybunał na karę usunięcia z urzędu zastosować może sui generis akt łaski – pisze autor opinii, dr hab. prof. nadzw. Sławomir Patyra.
Jego zdaniem jest to niezgodnie z zasadą podziału i równowagi władz, zasadą niezależności sądów i niezawisłości sędziów. - Proponowane rozwiązanie czyni organ władzy wykonawczej trwałym elementem postępowania dyscyplinarnego w obrębie władzy sądowniczej, decydującym o skutkach tego postępowania. Tymczasem, w świetle demokratycznych standardów postępowanie to z natury powinno mieć charakter wewnętrzny, co stanowi wyraz autonomii organizacyjnej władzy sądowniczej – wskazuje Patyra.
Szereg zastrzeżeń KRRP budzą też zapisy dotyczące rozpatrywania spraw przez Trybunał Konstytucyjny. W projekcie posłowie PiS zmniejszają liczbę sędziów pełnego składu o dwóch (z 13 do 11), ale nadal postulują odejście od przyjmowanej dotąd we wszystkich ustawach o Trybunale formuły kształtowania pełnego składu na poziomie nie przekraczającym 2/3 ogólnej liczby sędziów. W proponowanej wersji, pełny skład stanowić ma ponad 2/3 składu Trybunału. Tymczasem zdaniem autora opinii dla KRRP, jest to o tyle niezrozumiałe, że zgodnie z deklaracją wnioskodawców, wyrażoną implicite w uzasadnieniu projektu, projektowana ustawa stanowić ma powrót do rozwiązań ustawy z 1 sierpnia 1997 r., które, cyt. „zapewniały temu organowi sprawne funkcjonowanie i właściwie wypełnianie jego kompetencji" (s. 1 uzasadnienia). Tymczasem art. 25 ust. 2 ustawy z 1997 r. kształtował pełny skład Trybunału na poziomie dziewięciu sędziów, które to rozwiązanie powtórzyła następnie obecnie obowiązująca ustawa z czerwca 2015 r.
