Stosowanie zaliczek jest w obrocie gospodarczym powszechnie stosowaną praktyką, której celem nie jest – jak ma to miejsce w przypadku zadatku – zabezpieczenie wykonania umowy, a jedynie wpłata na poczet przyszłych należności. To powoduje, że w przypadku rozwiązania umowy zaliczka taka podlega zwrotowi.
Rozpatrując wpłatę oraz otrzymanie zaliczki w aspekcie dochodowym należy podkreślić, że ani w jednej, ani w drugiej sytuacji taka przedpłata nie powoduje powstania kosztu i odpowiednio przychodu podatkowego (art. 12 ust. 4 pkt 1 ustawy o CIT oraz art. 14 ust. 3 pkt 1 ustawy o PIT). Należy je rozpoznać dopiero w momencie wykonania usługi bądź dostawy towaru w całości lub w części, nie później jednak niż w dniu wystawienia faktury lub – jeśli zapłata nastąpi wcześniej – w dacie uiszczenia należności niebędącej zaliczką.
Zagadnienie zaliczek w VAT zostało uregulowane w art. 19a ust. 8 ustawy o VAT, który stanowi, że obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty w tej formie, w odniesieniu do każdej otrzymanej kwoty. Ponadto, na otrzymującym zaliczkę ciąży obowiązek wystawienia faktury zaliczkowej - nie później niż 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym otrzymano całość lub część zapłaty od nabywcy towaru lub usługi (art. 106i ust. 2 z zastrzeżeniem ust. 5 pkt 4 ustawy o VAT).
Wymienione powyżej przepisy stosuje się również do usług badania sprawozdań finansowych, gdy umowa z audytorem przewiduje konieczność wpłacenia zaliczki. Wydatki z tego tytułu uznawane za związane pośrednio z możliwością osiągnięcia przychodów (nie ma znaczenia czy badanie jest obligatoryjne, czy dobrowolne, mające na celu umożliwienie kierownictwu jednostki aktualną ocenę sytuacji spółki, potwierdzenie poprawności ustalania wyniku finansowego i podjęcie decyzji na przyszłość) są, co do zasady, kosztem uzyskania przychodu w okresie sprawozdawczym, w którym badanie to wykonano.
Zapłata zaliczki na poczet usługi audytu podlega ewidencji w księgach rachunkowych jednostki badanej w okresie sprawozdawczym, w którym zrealizowano zapłatę. Na podstawie wyciągu bankowego ujmuje się ją zapisem:
