Ustawodawca wymienia programy komputerowe obok utworów literackich, publicystycznych, naukowych oraz kartograficznych (jako wyrażone słowem, symbolami matematycznymi, znakami graficznymi), przesądzając tym samym o odrębności programów komputerowych jako kategorii utworu.
Również [b]Naczelny Sąd Administracyjny[/b] stwierdził, że programy komputerowe mieszczą się w treści art. 21 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT [b](wyrok z 6 czerwca 2007 r., II FSK 745/20060)[/b]. Jego zdaniem nie można przyjmować, że przepis ten odnosi się tylko do przychodów z praw autorskich, a nie dotyczy przychodów z należności licencyjnych od programów komputerowych. Zdaniem sądu nie ma wątpliwości, że przepis ten dotyczy również opodatkowania przychodów z należności licencyjnych od programów komputerowych.
W praktyce oznacza to, że opłata licencyjna wypłacana nierezydentowi mającemu siedzibę lub miejsce zamieszkania w państwie, z którym Polska nie podpisała umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania, będzie opodatkowana 20-proc. podatkiem.
Zupełnie inaczej traktowane są opłaty licencyjne w umowach o unikaniu podwójnego opodatkowania. Umowy te konstruowane były na podstawie modelowej konwencji OECD. Zawarte w nich postanowienia dotyczące opodatkowania należności licencyjnych nie dotyczą praw autorskich do programów komputerowych. W myśl art. 12 ust. 2 tej konwencji należności licencyjne obejmują wszelkiego rodzaju należności płacone za użytkowanie lub prawo do użytkowania wszelkich praw autorskich do dzieła literackiego, artystycznego lub naukowego. Odwołanie jedynie do trzech rodzajów utworów (dzieła literackiego, artystycznego lub naukowego) skutkuje nieuznawaniem opłat licencyjnych wypłacanych za programy komputerowe za należności licencyjne. To właśnie powinno skutkować niemożliwością ich opodatkowania w państwie, w którym powstają.
Potwierdzają to orzeczenia sądów administracyjnych. W [b]wyroku z 9 stycznia 2007 r. (III SA/Wa 1643/2006) WSA w Warszawie[/b] stwierdził, że obowiązku podatkowego nie można domniemywać, lecz musi on być jednoznaczny. Nie można utożsamiać programów komputerowych z dziełami literackimi, artystycznymi czy naukowymi także dla celów prawa podatkowego.
Już wcześniej sądy administracyjne wydawały podobne wyroki. Przykładowo[b] WSA w Warszawie 29 sierpnia 2006 r. (III SA/Wa 1400/2006)[/b] stwierdził, że skoro w treści umowy z Irlandią, w przepisie definiującym należności licencyjne nie wymieniono należności z licencji do programów komputerowych, to nie można uznać, że podlegają one w Polsce opodatkowaniu. Do odmiennego przekonania nie może prowadzić analiza art. 74 ust. 1 prawa autorskiego. W myśl tego przepisu programy komputerowe podlegają ochronie jak utwory literackie, z wyjątkami przewidzianymi w samej ustawie. Odniesienie to nie zmienia jednak faktu, że ustawodawca jednoznacznie wskazał na odrębny charakter programów komputerowych, które istnieją obok dzieł (utworów) literackich, artystycznych czy naukowych.