Niewiadomą do momentu opublikowania (co stało się kilka dni temu) projektu nowelizacji ustawy o urzędzie Ministra Obrony Narodowej było usytuowanie dowódcy Wojsk Obrony Terytorialnej. Nowelizacja ta wprowadzi niebawem nowy system kierowania i dowodzenia siłami zbrojnymi. Wzmocniona zostanie pozycja szefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego, jemu podlegać będą m.in. dowódca operacyjny oraz dowódcy rodzajów sił zbrojnych.
O tych założeniach wiedzieliśmy od wielu miesięcy. Do końca nie było tylko pewności, czy szef Sztabu Generalnego WP będzie także dowodził Wojskami Obrony Terytorialnej, które od kilkunastu miesięcy są tworzone. W tym przypadku pojawiały się sprzeczne sygnały ze środowiska polityków związanych z PiS oraz wojska. Ewentualne wyjęcie tej formacji spod kurateli ministra budziło niepokój żołnierzy WOT. Wieszczono, że proces powstania tych wojsk mógłby zostać spowolniony.
Ostatecznie minister Błaszczak zdecydował się na krok, który wcześniej forsował Antoni Macierewicz. Dowódca WOT będzie podlegał bezpośrednio ministrowi obrony do czasu tworzenia tej formacji. Tym samym Błaszczak rozłożył parasol ochronny nad tą formacją i dał sygnał, że nie ma zamiaru wyciszać lub wręcz spowalniać rozwoju tej nowej jednostki składającej się głównie z ochotników.
Zwolennicy takiego rozwiązania przypominają, że podobny nadzór sprawował MON w momencie powołania dowództwa wojsk specjalnych, a proces ich tworzenia zakończył się sukcesem. Dzisiaj polscy komandosi zaliczani są do elity wojsk NATO, w przyszłym roku będą dowodzili Siłami Odpowiedzi Sojuszu.
Anna M. Siarkowska, posłanka z sejmowej komisji obrony narodowej, zwolenniczka tworzenia WOT (klub PiS, Partia Republikanie), w portalu defence24 stwierdziła, że podporządkowanie WOT Sztabowi Generalnemu WP oznaczałoby stopniowe wygaszanie tego projektu. Trudno ocenić, czy miała rację. Faktem jest, że od kilku miesięcy pomiędzy WOT a Sztabem Generalnym WP nie było „chemii". Można było zaobserwować, że instytucje te jakby działały obok siebie. To WOT tworzył np. system szkolenia żołnierzy, dbał o zakupy nowoczesnego sprzętu, rekrutację ochotników. Sztab Generalny zachowywał się pasywnie. Pojawiały się informacje o likwidacji Biura do spraw Tworzenia OT przy MON.