W reakcji na protesty środowisk żydowskich po podpisaniu przez papieża 19 grudnia dekretu o heroiczności cnót Piusa XII (co przybliża jego beatyfikację) Watykan opublikował notę wyjaśniającą. Podpisał ją dyrektor biura prasowego ks. Federico Lombardi.
Ks. Lombardi wyjaśnia, że uznanie heroiczności cnót Piusa XII jest wyłącznie oceną jego życia chrześcijańskiego, a nie historycznego znaczenia wszystkich podjętych przez niego decyzji. Podkreśla, że nie był to akt wrogości wobec Żydów i wyraża nadzieję, że „wizyta papieża w synagodze w Rzymie będzie potwierdzeniem serdecznych więzów przyjaźni i szacunku”. Watykański rzecznik zaznaczył, że równoczesne podpisanie dekretów o heroiczności cnót Piusa XII i Jana Pawła II nie oznacza, iż zostaną razem beatyfikowani, bo obie sprawy są od siebie niezależne i będą prowadzone według odrębnych procedur.
Powszechnie przyjmuje się, że Jan Paweł II będzie beatyfikowany w rocznicę pontyfikatu – 16 października. To równocześnie rocznica wywózki rzymskich Żydów, więc beatyfikacja Piusa XII tego dnia byłaby co najmniej niezręczna. Ponadto, jak domyślają się watykaniści, Watykan chciał dać do zrozumienia, że beatyfikacji włoskiego papieża nie należy spodziewać się tak szybko.
Środowiska żydowskie od lat zarzucają Piusowi XII bierność i obojętność wobec Holokaustu, a zwłaszcza brak reakcji na wywiezienie z Rzymu do Auschwitz w 1943 r. ponad tysiąca Żydów. Uważają, że papieski dekret jest ostateczną, pozytywną oceną postawy Piusa XII w czasie wojny.
Zdaniem wielu historyków czarną legendę Piusa XII, według której miał być niejako wspólnikiem Hitlera w dziele mordowania Żydów, zbudowały sowieckie służby specjalne, by mu się zrewanżować za antykomunizm. Rolf Hochhuth napisał oskarżającą papieża głośną sztukę „Namiestnik”, korzystając z podsuniętych mu przez sowiecki wywiad sfałszowanych dokumentów. Z polecenia Piusa XII w czasie II wojny wielu włoskich Żydów znalazło schronienie w setkach klasztorów i w samym Watykanie.
