Program „Równościowe przedszkole" wywołał kontrowersje wśród rodziców m.in. z powodu warsztatów, podczas których chłopcy i dziewczynki mieli być przebierani w ubrania przeznaczone nie dla swojej płci. Chłopcom na przykład zakładano peruki.
Zaprotestowała przeciw niemu fundacja Rzecznik Praw Rodziców (zebrała ok. 1 mln podpisów pod referendum w sprawie sześciolatków). W liście do MEN, rzecznika praw dziecka i przewodniczącego Komitetu Badań Pedagogicznych PAN fundacja zwróciła się o jego ocenę. Wskazała ponadto, że sprawą powinien się zainteresować rzecznik praw obywatelskich.
Prof. Irena Lipowicz w piśmie do szefowej MEN Joanny Kluzik-Rostkowskiej z 29 kwietnia odniosła się do zawartości programu. Wskazuje, powołując się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego, że „konstytucja nie może gwarantować i nie gwarantuje, że wiedza przekazana w szkole będzie zgodna z przekonaniami rodziców". Przytacza także wyrok Europejskiego Trybunału Praw Człowieka, który we wrześniu 2011 r. w sprawach dotyczących zakresu ingerencji państwa w proces edukacji w Niemczech i Danii uznał, że rodzice mają ograniczony wpływ na programy szkolne i „mogą edukować dzieci po szkole i w weekendy".
Prof. Lipowicz uważa, że „Równościowe przedszkole" nie narusza prawa rodziców, zawartego w art. 48 konstytucji, który głosi, że „rodzice mają prawo do wychowania dzieci zgodnie z własnymi przekonaniami".
To stanowisko podchwycił Związek Nauczycielstwa Polskiego, który zamieścił je na swojej stronie internetowej.
