Do Rzecznika Praw Obywatelskich regularnie wpływają skargi na zasady wynagradzania biegłych sądowych, zwłaszcza z zakresu medycyny.
Obecnie kwestię tę regulują przepisy zawarte w kodeksie postępowania karnego oraz w ustawie o kosztach sądowych w sprawach cywilnych. Podstawowym sposobem obliczania wynagrodzenia biegłego jest system oparty na stawkach godzinowych, uwzględniających rzeczywisty nakład pracy biegłego, konieczny do sporządzenia opinii. Wyjątkiem jest wynagradzanie biegłych z zakresu medycyny, dla których podstawą wynagrodzenia jest taryfa w rozporządzeniu Ministra Sprawiedliwości z 18 grudnia 1975 roku.
Taryfikator nakazuje kształtować wynagrodzenie biegłego z zakresu medycyny jako pewien procent kwoty bazowej ustalonej w ustawie budżetowej. Procent ten został określony widełkowo – oznacza to, że wynagrodzenie specjalistów od medycyny, bez względu na poświęcony czas przygotowania opinii, ma ustaloną nieprzekraczalną górną granicę.
Zdaniem Naczelnej Rady Lekarskiej, uzasadnianie wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 9 maja 2012 r. (sygn. akt SK 24/11) wskazuje na to, że model wynagradzania biegłych z zakresu medycyny narusza konstytucyjne standardy równości. W wyroku stwierdzono m.in., iż prawo biegłego do wynagrodzenia za wykonaną na rzecz sądu pracę stanowi prawo majątkowe, a ustawodawca nie ma prawa arbitralnie różnicować wynagrodzenia osób w podobnej sytuacji. W ocenie TK, nie ma konstytucyjnie usprawiedliwionych powodów, aby wynagrodzenie biegłych z zakresu medycyny było ustalane inaczej niż biegłych innych specjalności.
Również Rzecznik Praw Obywatelskich w swoim wystąpieniu do Ministra Sprawiedliwości podzielił opinię, iż konieczne jest wprowadzenie jasnych zasad wynagradzania biegłych. Prof. Irena Lipowicz uważa, iż należy unikać sytuacji, w której opinia sporządzona na potrzeby sądu jest w sposób rażący słabiej wynagradzania, niż opinia wydana w tym samym przedmiocie, tyle że wykonana na prywatne zlecenie.
