Podstawy prawne, pozwalające na prawnokarne rozliczenie zbrodni popełnionych przez funkcjonariuszy państwa komunistycznego w całym okresie funkcjonowania tego państwa, stworzyła ustawa z 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu (DzU nr 155, poz. 1016, z późn. zm.).
Ustawa ta powołała do życia Komisję Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, jako wyspecjalizowany pion prokuratury RP. Prokuratorzy komisji prowadzą śledztwa o zbrodnie popełnione na osobach narodowości polskiej lub obywatelach polskich innych narodowości, które zostały zaliczone do przestępstw nieulegających przedawnieniu oraz śledztwa o zbrodnie komunistyczne popełnione od 17 września 1939 r. do 31 lipca 1990 r.
Nowe uregulowania umożliwiły prokuratorom pionu śledczego IPN czy to samodzielne prowadzenie i zamykanie śledztw, czy skierowanie do sądów aktów oskarżenia.
Głosem sprawiedliwości oceniającej zbrodniczy system komunistyczny jest polskie śledztwo w sprawie zbrodni katyńskiej. Wszczęcie tego śledztwa, postanowieniem prokuratora komisji ścigania z 30 listopada 2004 r., stanowiło moment przełomowy w procesie rozliczania zbrodni komunistycznych. Przedmiotem śledztwa jest zbrodnia katyńska w pełnym zakresie – to jest udziału w dokonaniu zabójstwa nie mniej niż 21 768 obywateli polskich, w okresie od 5 marca do bliższej nieustalonego dnia 1940 r. w Moskwie, Charkowie, Smoleńsku, Katyniu, Kalininie (obecnie Twer) i innych miejscach na terytorium ZSRR. W ocenie prokuratora, znajdującej pełne oparcie w zgromadzonym materiale dowodowym oraz aktach prawa międzynarodowego i krajowego, czyny te, dokonane w celu wyniszczenia części polskiej grupy narodowej, stanowiły pogwałcenie obowiązujących praw i zwyczajów wojennych, a w szczególności uregulowań IV konwencji haskiej z 18 października 1907 r. dotyczącej praw i zwyczajów wojny lądowej oraz konwencji genewskiej z 27 lipca 1929 r. dotyczącej traktowania jeńców wojennych.
W konsekwencji prokurator komisji ścigania zakwalifikował zbrodnię katyńską jako zbrodnię wojenną i zbrodnię przeciwko ludzkości z art. 118 § 1 k.k. z 1997 r. w zbiegu z art. 123 § 1 pkt 3 i 4 k.k. z 1997 r. w zbiegu z art. 1 pkt 1 dekretu z 31 sierpnia 1944 r. o wymiarze kary dla faszystowsko-hitlerowskich zbrodniarzy winnych zabójstw i znęcania się nad ludnością cywilną i jeńcami oraz dla zdrajców narodu polskiego w zw. z art. 11 § 2 k.k. z 1997 r. w zw. z art. 2 ust.1 i art. 3 ustawy o IPN.