Warto zatem znać praktyczne procedury rozliczania różnic inwentaryzacyjnych, aby dokonane były one prawidłowo, a obraz kondycji majątkowej podmiotu nie został zniekształcony.
Wszystkie różnice inwentaryzacyjne, do czasu wyjaśnienia przyczyn ich powstania i zatwierdzenia przez kierownika jednostki sposobu ich ostatecznego rozliczenia ujmuje się na koncie „Rozliczenie niedoborów i szkód" oraz na koncie „Rozliczenie nadwyżek", przy czym należy pamiętać, że na koniec roku obrotowego, konta te nie powinny wykazywać sald, ponieważ różnice inwentaryzacyjne należy rozliczyć razem z zamknięciem ksiąg za dany rok. Ujęty w protokole weryfikacji różnic inwentaryzacyjnych sposób rozliczenia zatwierdza kierownik jednostki, natomiast przyczyny powstania różnic określa komisja inwentaryzacyjna w protokole inwentaryzacyjnym.