Naczelny Sąd Administracyjny wydał precedensowe orzeczenie dotyczące opodatkowania rolników. Nie zgodził się, że dla obowiązków w VAT znaczenie ma wykładnia ustawy o PIT. O tym rygorystycznym podejściu NSA jako pierwszy przekonał się skarżący, który oprócz zwykłej działalności prowadził też działy specjalne produkcji rolnej (hodowla indyków). Jego problemy zaczęły się, gdy fiskus postanowił skontrolować, czy rzetelnie rozlicza dochody ze sprzedaży za 2007 r. Potem kontrolerzy zajęli się też VAT.
Ostatecznie fiskus wykrył, że w 2006 r. przychody podatnika z działów specjalnych produkcji rolnej przekroczyły kwotę odpowiadającą w walucie polskiej 800 tys. euro (jest to limit obrotów, którego przekroczenie według ustawy o rachunkowości powoduje konieczność zaprowadzenia ksiąg rachunkowych, obecnie wynosi 1,2 mln euro). To oznaczało, że od następnego roku był zobowiązany do założenia i prowadzenia ksiąg rachunkowych oraz nie mógł korzystać ze zwolnienia z VAT, ponieważ utracił status rolnika ryczałtowego.
Rolnik był innego zdania. Twierdził, że art. 24a ust. 4 ustawy o PIT nie nakłada na prowadzącego działy specjalne produkcji rolnej obowiązku prowadzenia ksiąg rachunkowych po przekroczeniu limitu. Wskazał, że potwierdza to uchwała składu siedmiu sędziów NSA z 17 stycznia 2011 r. (II FPS 2/10).
Nic to jednak nie dało. Sąd I instancji zgodził się, że skarżący nie może korzystać ze zwolnienia z VAT i ze szczególnej procedury uzyskiwania zryczałtowanej rekompensaty zwrotu VAT, a staje się czynnym podatnikiem. Ma więc obowiązek prowadzenia ewidencji VAT i składania deklaracji. To samo stwierdził NSA.
Jak zauważyła sędzia Krystyna Chustecka, w sprawie chodzi o VAT i jedyną ustawą podatkową, jaka ma być w tym przypadku stosowana, jest ustawa o VAT. Jej art. 2 pkt 19 zawiera jasną, niebudzącą wątpliwości definicję podatnika ryczałtowego. Jest to rolnik dokonujący dostawy produktów rolnych pochodzących z własnej działalności rolniczej lub świadczący usługi rolnicze, korzystający ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 3, z wyjątkiem rolnika zobowiązanego na podstawie odrębnych przepisów do prowadzenia ksiąg rachunkowych. Sąd nie miał wątpliwości, że tymi odrębnymi przepisami jest ustawa o rachunkowości, a nie o PIT.Wyrok jest prawomocny.