Ustawa o VAT przewiduje, że niektórzy rolnicy sprzedający produkty rolne z własnego gospodarstwa, mogą skorzystać z uproszczonych zasad rozliczania VAT. Status rolnika ryczałtowego należy się automatycznie tym rolnikom, którzy dopiero zaczynają produkcję rolną oraz tym, u których roczny poziom przychodów nie przekroczył progu zobowiązującego do prowadzenia ksiąg rachunkowych. Rolnik ryczałtowy jest zwolniony z VAT na podstawie art. 43 ust.1 pkt 3 ustawy o VAT. Nie musi rejestrować się jako podatnik VAT, wystawiać faktur, ani prowadzić ewidencji sprzedaży i zakupu VAT.
Rolnik ryczałtowy nie może odliczyć podatku naliczonego przy zakupie urządzeń, maszyn, narzędzi i innych inwestycji. Wynika to z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT: podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Skoro rolnik ryczałtowy korzysta ze zwolnienia z podatku, nie ma od czego odliczyć VAT.
Ustawa o VAT przewiduje swoistą rekompensatę dla takich rolników, którzy przecież też ponoszą wydatki związane z nabywania środków produkcji, maszyn czy innych inwestycji związanych z produkcją rolną. Prawo do rekompensaty jest jednak ograniczone – przysługuje rolnikowi wtedy, gdy odbiorcą jego produktów jest czynny podatnik VAT. Wtedy na podstawie art. 115 ust. 1 ustawy o VAT rolnik taki może w cenie sprzedawanych produktów rolnych uwzględnić kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku VAT (fakturę VAT-RR z kwotą zryczałtowanego zwrotu wystawia mu odbiorca towaru). Jego stawka wynosi 6,5% kwoty należnej z tytułu dostawy produktów rolnych pomniejszonej o kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku.
Rolnik ryczałtowy może w prosty sposób zrezygnować ze zwolnienia z VAT rejestrując się w urzędzie skarbowym na formularzu VAT-R. W następnym miesiącu staje się podatnikiem VAT, opodatkowanym na zasadach ogólnych i jak każdy taki podatnik ma prawo odliczać podatek naliczony na fakturach zakupu.
Odliczenia podatku naliczonego przy zakupie np. sprzętu biurowego są też możliwe wtedy, gdy rolnik ryczałtowy jest czynnym podatnikiem VAT z tytułu prowadzenia innej działalności gospodarczej, niezwiązanej z działalnością rolniczą, a zakup sprzętu dokonywany jest na potrzeby tej nierolniczej działalności.
