Jak wynika z najnowszej kontroli NIK, większość stadnin nie dbała o stan techniczny budynków, w tym także stajni oraz nie zapewnienia odpowiednich warunków weterynaryjnych, które są wymagane przy hodowli koni.
W osiemnastu państwowych stadninach na początku 2013 r. hodowano prawie trzy tysiące koni. Nadzorowane przez Agencję Nieruchomości Rolnych spółki hodowli koni koncentrują swą działalność na utrzymywaniu stad ogierów (SO), które udostępniają hodowcom oraz na prowadzeniu hodowli w celu ochrony i doskonalenia najcenniejszego materiału genetycznego ras - czystych i półkrwi - dla potrzeb hodowli krajowej, a także na zachowaniu ras rodzimych. Hodowle prywatne nie mogą zagwarantować realizacji tych zadań, gdyż za bardzo są uzależnione od koniunktury na rynku.
Najważniejsze stwierdzone nieprawidłowości:
Agencja Nieruchomości Rolnych nie prowadziła analizy ekonomicznej opłacalności hodowli koni, wskutek czego nie wiedziała jakie są rzeczywiste koszty takiej działalności
. Okazało się, że ANR, która odpowiada za ochronę i zapewnienie ciągłości gatunku najcenniejszych ras koni w Polsce, nie wiedziała nawet czy działalność związana z hodowlą koni przynosi zyski, czy straty. Dopiero kontrolerzy NIK ustalili, że zaledwie w ciągu dwóch lat (lata 2011-2012) hodowla koni przyniosła stadninom straty w wysokości aż 18 milionów złotych. Przy czym straty te poniosły wszystkie skontrolowane stadniny. Wynikały one przede wszystkim z utrzymywania zbyt dużej liczby koni w stadzie obrotowym (konie bez kwalifikacji do rozrodu, przeznaczone do rekreacji, sprzedaży hodowcom lub na rzeź), z ograniczonych możliwości sprzedaży koni oraz ze zmniejszonego zapotrzebowania na usługi ogierów do celów rozpłodowych.