Bieńkowski był komendantem głównym za czasów PiS. Został powołany na stanowisko pod koniec 2005 r. Był pierwszym cywilem, który kierował policją po 1989 r.
Odszedł w lutym 2007 r., gdy szefem MSWiA został Janusz Kaczmarek. Wtedy na krótko wrócił do NIK, gdzie jest zatrudniony od kilku lat, by po kilku miesiącach znów wziąć bezpłatny urlop.
Latem 2007 r. Bieńkowski objął stanowisko prezesa Orlen Ochrona, spółki córki paliwowego giganta. Razem z nim do Ochrony poszedł Jacek Sobolewski, wcześniej zastępca Bieńkowskiego w KGP, odpowiedzialny m.in. za zakupy. W spółce pracują do dziś.
Przez dziewięć lat o zgodę na pracę w spółkach wystąpiło tylko 54 urzędników
Gdy policją kierował Bieńkowski, Komenda Główna współpracowała z Orlenem i jego spółkami zależnymi. I tak np. 31 lipca 2006 r. policja podpisała umowę na dostarczenie paliwa lotniczego wartości blisko 600 tys. zł, a 14 grudnia 2006 r. – na zakup benzyny i oleju napędowego za blisko 1,5 mln zł.