Hitler doszedł do władzy z zamiarem eksterminacji Żydów w Europie. Wojna na wschodzie pokazała, że można to osiągnąć poprzez masowe zabójstwa. W ciągu kilku tygodni od ataku Niemiec (i ich fińskich, rumuńskich, węgierskich, włoskich i innych sojuszników) na ZSRR, Niemcy z lokalną pomocą wymordowali prawie wszystkich Żydów. Do grudnia 1941 roku, kiedy Hitler ogłosił, że chce zabić wszystkich Żydów, zapewne milion z nich już nie żyło na okupowanych terenach radzieckich. Większość została zastrzelona, ale tysiące zagazowano również w specjalnie przystosowanych do tego samochodach. Od 1942 roku dwutlenek węgla był stosowany w fabrykach śmierci w Chełmnie, Bełżcu, Sobiborze i Treblince do zabijania polskich i niektórych innych europejskich Żydów. Kiedy Holokaust rozszerzył się na resztę okupowanej Europy, inni Żydzi byli zagazowywani za pomocą cyjanowodoru w Auschwitz-Birkenau.
Ogólnie Niemcy, z pomocą ludności lokalnej, z premedytacją wymordowali około 5,4 miliona Żydów, z czego blisko 2,6 miliona przez zastrzelenie i 2,8 miliona przez zagazowanie (około miliona w Auschwitz, 780,863 w Treblince, 434,508 w Bełżcu, około 180,000 w Sobiborze, 150,000 w Chełmnie, 59,000 w Majdanku, a dużą część reszty w przenośnych komorach gazowych w okupowanej Serbii i Związku Sowieckim). Kolejne kilkaset tysięcy Żydów zmarło podczas deportacji do gett, albo z głodu i chorób w samych gettach. Kolejnych 300.000 Żydów zostało zamordowanych przez sojusznika Niemiec - Rumunię. Większość ofiar Holokaustu było przed wojną obywatelami polskimi lub radzieckimi (odpowiednio 3,2 miliona i milion). Niemcy zabili również ponad 100.000 Romów.
Łącznie Niemcy zabili z premedytacją około 11 milionów cywilów. Liczba ta wzrasta do ponad 12 milionów, jeżeli doliczy się do tego przypadki śmierci przy okazji deportacji, z głodu i wyroków śmierci wydanych w obozach koncentracyjnych. W Związku Radzieckim w okresie stalinowskim analogiczne dane wahają się od sześciu do dziewięciu milionów.
Liczby te oczywiście mogą ulec rewizji, ale jest bardzo mało prawdopodobne, by konsensus zmienił się tak radykalnie, jak to miało miejsce po otwarciu wschodnioeuropejskich archiwów w latach 90-tych. Ponieważ Niemcy zabijali głównie na ziemiach które potem znalazły się za Żelazną Kurtyną, dostęp do źródeł wschodnioeuropejskich był niemal równie ważny dla naszego nowego zrozumienia hitlerowskich Niemiec, co badań nad samym Związkiem Sowieckim. (Hitlerowski reżim zabił w przybliżeniu 165.000 niemieckich Żydów).
Oprócz braku dostępu do archiwów, dlaczego tak myliliśmy się w naszych wcześniejszych założeniach? Jednym z wytłumaczeń jest Zimna Wojna. Nasze wojenne i powojenne sojusze wymagały w końcu pewnej dawki moralnej i historycznej elastyczności. W 1939 roku Niemcy i Związek Radziecki byli wojskowymi sojusznikami. Do końca 1941 roku, kiedy Niemcy zaatakowały Związek Radziecki a Japonia Stany Zjednoczone, Moskwa w efekcie zamieniła Berlin na Waszyngton. W 1949 roku doszło do ponownej zamiany sojuszów; Stany Zjednoczone w ramach NATO stanęły z Republiką Federalną Niemiec przeciwko Związkowi Radzieckiemu i jego wschodnioeuropejskim sojusznikom, w tym Niemieckiej Republice Demokratycznej. Podczas Zimnej Wojny Amerykanom było czasami trudno szczegółowo rozpatrywać występki Nazistów i Sowietów. Hitler spowodował Holokaust, ale Niemcy były teraz naszymi sojusznikami. Stalin także zabił miliony ludzi, ale niektóre z najgorszych momentów, które miały miejsce przed wojną, zostały zbagatelizowane przez amerykańską propagandę wojenną, kiedy byliśmy po tej samej stronie.