Ten precedensowy wyrok NSA zapadł 31 lipca 2008 r. (sygn. II FSK 698/07).
Sprawa dotyczyła polskiego podatnika (osoby fizycznej), który uczestniczył w realizacji projektu szkoleniowego. Koordynatorem programu była firma austriacka, a podatnik przez ponad rok realizował szkolenia w Albanii. Kiedy zwrócił się o interpretację w tej sprawie, otrzymał odpowiedź dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie, iż od otrzymanych środków musi zapłacić podatek dochodowy. To niekorzystne dla niego stanowisko podtrzymał Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (sygn. III SA/WA 2930/06).
Zagadnienie opodatkowania środków z UE reguluje art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Stanowi on, że dochody uzyskiwane przez polskich podatników są zwolnione z opodatkowania, jeśli zostaną spełnione dwa warunki. Po pierwsze, środki te pochodzić muszą z bezzwrotnej pomocy przyznanej przez państwa obce, podmioty zagraniczne i międzynarodowe, w tym także UE i NATO. Po drugie zaś, podatnik musi bezpośrednio realizować finansowany w ten sposób projekt.
WSA argumentował, że dochody uzyskane z dofinansowania nie mogą być zwolnione z podatku, ponieważ beneficjentem była instytucja koordynująca, a nie sam podatnik. W ten sposób – w opinii sądu – nie został spełniony drugi z wymaganych w ustawie warunków.
Naczelny Sąd Administracyjny stanął jednak po stronie podatnika, uznając, że WSA błędnie zinterpretował przepis ustawy o PIT. Według NSA przewidziane tam zwolnienie ma charakter przedmiotowy, a nie podmiotowy – jak to przyjął WSA. Co to oznacza dla podatnika? Z wyroku wynika, że należy w tej sytuacji rozpatrywać przedmiot zwolnienia, jakim jest bezzwrotna pomoc z programu UE. By zastosować wymienione w ustawie zwolnienie, nie ma w istocie znaczenia, do jakiego podmiotu skierowano pomoc, bo to środki Unii Europejskiej są tu przedmiotem ochrony. Tak więc podatnik nie musi płacić żadnej daniny na rzecz fiskusa.