Ale nie wszystkie sądy są tego samego zdania, czego przykładem wyrok WSA w Warszawie (sygn. III SA/Wa 2040/09).
Również najnowsze orzeczenia, pokazują, że sprawa jest nadal kontrowersyjna.
W wyroku z 24 marca 2001 r. WSA w Olsztynie (I SA/Ol 97/11) stwierdził: „w art. 21 ust.1 pkt 126 ustawy o PIT pojęcie budynku mieszkalnego ma dwa znaczenia tj. oznacza budynek mieszkalny stanowiący odrębną własność oraz grunt zabudowany budynkiem mieszkalnym. Zatem zwolnienie z art. 21 ust.1 pkt 126 obejmuje cały przychód uzyskany ze sprzedaży ze sprzedaży nieruchomości tj. zabudowanej budynkiem mieszkalnym działki gruntu lub udziału w takiej nieruchomości ( art. 46 - 48 kodeksu cywilnego)”.
Inaczej, tego samego dnia, orzekł WSA w Gorzowie Wlkp. (I SA/Go 99/11): „Za nietrafny należy uznać pogląd strony skarżącej, iż zwolnienie nie dotyczy wyłącznie budynku mieszkalnego, ale odnosi się również do gruntu, na którym jest on posadowiony. Sąd w pełni podziela pogląd, że zgodnie z treścią art. 48 kodeksu cywilnego, budynek (o ile ustawa nie stanowi inaczej) stanowi część składową nieruchomości i jako taki, nie może stanowić odrębnego od niej przedmiotu obrotu, o ile nie jest on odrębną nieruchomością. Zatem wszystko co zostaje z gruntem połączone staje się częścią składową nieruchomości gruntowej.
Sprzedaż nieruchomości gruntowej obejmuje zarówno zbycie gruntu jak i budynku trwale z gruntem związanego. Nie oznacza to jednak, że przychód ze sprzedaży przedmiotowej nieruchomości (gruntu wraz z budynkiem mieszkalnym) korzysta w całości ze zwolnienia przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 126 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Prawidłowo organ wskazał, ze zwolnieniu z opodatkowania, na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 126 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia do 31 grudnia 2008 r. (...) będzie podlegał jedynie przychód uzyskany ze zbycia przysługującego skarżącej udziału w budynku mieszkalnym. Przepis ten nie ma zastosowania do uzyskanej przez stronę kwoty z tytułu sprzedaży udziału w nieruchomości (gruncie), na której znajduje się przedmiotowy budynek mieszkalny.”
