Aktualizacji opłaty rocznej dokonuje się z urzędu albo na wniosek użytkownika wieczystego nieruchomości gruntowej, na podstawie wartości nieruchomości gruntowej określonej przez rzeczoznawcę majątkowego.
Jak podnosi się w orzecznictwie „w sprawie o ustalenie wysokości aktualizowanej opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego wyboru właściwego podejścia, metody oraz techniki szacowania nieruchomości dokonuje rzeczoznawca, a nie wola którejkolwiek ze stron umowy użytkowania wieczystego (wyrok Sądu Apelacyjnego w Warszawie z dnia 4 sierpnia 2006 r., sygn. akt I ACa 126/2005).
Niezwykle istotnym jest, iż zgodnie z § 28 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 21 września 2004 r. w sprawie wyceny nieruchomości i sporządzania operatu szacunkowego, na potrzeby ustalenia ceny nieruchomości gruntowej niezabudowanej oddawanej w użytkowanie wieczyste oraz aktualizacji opłat z tego tytułu określa się jej wartość jako przedmiotu prawa własności, stosując podejście porównawcze. Do analizy porównawczej rzeczoznawca majątkowy obowiązany jest zatem przyjąć tylko i wyłącznie ceny transakcyjne nieruchomości niezabudowanych jako przedmiotu prawa własności. Przy tym niedopuszczalne jest przyjęcie jako transakcji porównawczych umów sprzedaży prawa użytkowania wieczystego, jak również umów sprzedaży nieruchomości zabudowanych. W przypadku gdy nieruchomość będąca przedmiotem użytkowania wieczystego jest zabudowana, jej wartość pomniejsza się o wartość budynków i innych urządzeń posadowionych na gruncie.
Od dnia 26 sierpnia 2011 r. przy dokonywaniu wyceny stosuje się także zasadę, iż wartość nieruchomości określa według stanu nieruchomości i cen na dzień aktualizacji opłat z tytułu użytkowania wieczystego (chwila pisma ustalającego nową opłatę), z uwzględnieniem celu, na jaki nieruchomość została oddana w użytkowanie wieczyste. Przykładowo, jeżeli w chwili oddawania gruntu w użytkowanie wieczyste cel został sprecyzowany jako oświatowy lub badawczo-rozwojowy, to na potrzeby aktualizacji opłaty rocznej nieruchomości przyjęte do analizy powinny uwzględniać taki właśnie oświatowy lub badawczo-rozwojowy charakter użytkowania, nawet gdy w planie zagospodarowania przestrzennego nieruchomość jest przeznaczona na cele mieszkaniowe. W sytuacji braku określenia celu w umowie (lub niedostatecznie jasno), w decyzji o oddaniu nieruchomości w użytkowanie wieczyste lub w przypadku nabycia użytkowania wieczystego z mocy prawa powyższe oznacza konieczność określenia wartości nieruchomości według aktualnego sposobu korzystania z nieruchomości.
Od 09 października 2011 r. organ dokonujący aktualizacji w odróżnieniu od poprzedniego stanu prawnego ma obowiązek przeprowadzenia tej procedury, jednakże nie może tego robić częściej niż raz na 3 lata. Innymi słowy nawet jeżeli nastąpiła zmiana wartości nieruchomości (ten wymóg zawsze musi być spełniony), to nie jest dopuszczalne dokonanie aktualizacji częściej niż raz w okresie 3-letnim. Od wskazanej zasady ustawodawca przewidział wyjątek a mianowicie, jeżeli wartość nieruchomości gruntowej na dzień aktualizacji opłaty rocznej byłaby niższa niż ustalona w drodze przetargu cena tej nieruchomości w dniu oddania jej w użytkowanie wieczyste, aktualizacji nie dokonuje się. Aktualizacji nie dokonuje się również wtedy, gdy z żądaniem w tym zakresie występuje użytkownik wieczysty (uchwała Sądu Najwyższego - Izba Cywilna z dnia 13 września 2007 r., III CZP 73/2007).
