Władze Warszawy jako organ nadzorczy nad Polskim Związkiem Działkowców mają duże zastrzeżenia do legalności jego działań. PZD odpiera te zarzuty. Częściowo jednak podporządkowuje się zaleceniom.
Ratusz zażądał uchylenia uchwał PZD podjętych na podstawie statutu, do którego zmiany ten uchwalił, a których nie zarejestrował jeszcze Krajowy Rejestr Sądowy. Uchwała dotycząca kwestii finansowych ma być uchylona niezwłocznie. Nakłada ona na walne zebrania rodzinnych ogrodów działkowych obowiązek uwzględnienia przy określaniu opłat ogrodowych kwoty 0,07 zł od mkw. działki jako partycypacji w finansowaniu struktur okręgowych i jednostki krajowej PZD.
Zdaniem urzędu miasta przyjęte w tej uchwale rozwiązania naruszają art. 33 ust. 1 i 2 ustawy o rodzinnych ogrodach działkowych (ROD). Zgodnie z tymi przepisami w skład opłat nie wchodzą koszty działalności stowarzyszenia zarządzającego ROD. Ponadto zapewnienie środków na działalności PZD może obciążać tylko członków stowarzyszenia. Nie powinny więc jej płacić ci, którzy złożyli oświadczenie woli o rezygnacji z członkostwa.
Ponadto ratusz zażądał, by PZD poinformowała swoje organy samorządowe, że na razie mogą działać tylko na podstawie statutu ujawnionego w KRS. Zgodnie bowiem z art. 17 ust. 1 oraz 21 prawa o stowarzyszeniach zmiana statutu jest skuteczna z chwilą wpisania do KRS. PZD uchwaliła zmiany w statucie 23 października 2014 r., ale postępowanie rejestrowe jeszcze się nie zakończyło. Trwa spór sądowy między władzami Warszawy a PZD.
Tymczasem związek uważa, że władze Warszawy nadużywają swojej pozycji. Powinny poczekać na zakończenie sporu sądowego w sprawie rejestracji zmian statutowych. Nie robią tego, tylko jako organ nadzorczy wywierają naciski na PZD. Ten swoje pismo w tej sprawie skierował do prezydent Warszawy.