Zapytał fiskusa, czy osiąga dochód w rozumieniu ustawy o CIT i tym samym jest podatnikiem tego podatku. W tym konkretnym przypadku podatnik oczekiwał potwierdzenia, że nie osiąga dochodów z ustawy o CIT.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Podkreślił, że każdy podatek jest zbudowany z pewnych elementów konstrukcyjnych, tzw. cech zmiennych, pozwalających na odróżnienie go od innych.
Urzędnicy przypomnieli, że zgodnie z art. 1 ustawy o CIT co do zasady jednostki organizacyjne nieposiadające osobowości prawnej są podatnikami CIT. I choć ustawodawca nie wskazuje wprost, które jednostki organizacyjne nieposiadające osobowości prawnej są podatnikami, to w ocenie fiskusa należy odnieść się do regulacji statuujących te jednostki. W świetle zaś ustaw o gospodarce komunalnej i o finansach publicznych samorządowe zakłady budżetowe są jednostkami organizacyjnymi nieposiadającymi osobowości prawnej, czyli są podatnikami CIT. Co więcej, nie są wymienione w katalogu podmiotów zwolnionych z CIT, a więc zasadniczo ich dochody podlegają temu podatkowi.
Taka wykładnia przepisów nie satysfakcjonowała jednostki i spór trafił na wokandę. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie jednak oddalił jej skargę. W ocenie sądu skarżący, choć dostrzega, że uchwała NSA oraz orzecznictwa unijne dotyczy VAT, to okoliczność tę bagatelizuje. Tymczasem nie jest uprawnione przenoszenie wykładni przepisów ustawy o VAT na reguły statusu podatnika i dochodu w CIT. Ustawa o podatku dochodowym zawiera bowiem odmienne regulacje prawne tych zagadnień.
W ocenie WSA jest oczywiste, że podmiot, który rozlicza podatek dochodowy, nie musi mieć statusu podatnika VAT. A regulacje zawarte w ustawie o CIT i w ustawie o finansach publicznych jednoznacznie wskazują na podmiotowość i samodzielność samorządowych zakładów budżetowych.
Sąd nie miał również żadnych wątpliwości, że skarżąca uzyskuje przychody własne. Nie przekonało go więc twierdzenie, że nie osiąga dochodów i przez to nie może być uznana za podatnika podatku dochodowego.