Polskie instytucje uczestniczą także w postępowaniach wyjaśniających w ramach Wspólnej Polityki Rolnej przed KE, w wyniku których obniżono kwotę wstępnie proponowanych przez Komisję wyłączeń z finansowania UE. W efekcie działań Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz agencji płatniczych w latach 2004-2015 (I połowa) ograniczono sankcje finansowe o blisko 15 procent.
NIK skontrolowała organizację i działanie systemu zarządzania nieprawidłowościami w zakresie europejskich funduszy rolnych (Europejski Fundusz Rolniczy Gwarancji oraz Europejski Fundusz Rolny na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich) w obszarach: informowania Komisji Europejskiej o nieprawidłowościach w wydatkowaniu środków z tych funduszy oraz obsługi postępowań wyjaśniających przed KE w tych sprawach. W ocenie NIK system funkcjonował sprawnie, a realizacja zadań w skontrolowanych obszarach była zgodna z przepisami unijnymi oraz z zasadą należytego zarządzania finansami. System informowania Komisji Europejskiej o nieprawidłowościach w wydatkowaniu środków z europejskich funduszy rolnych
Wiodącą rolę w organizowaniu systemu odgrywa KE (OLAF - Europejski Urząd ds. Zwalczania Nadużyć Finansowych), która określiła przepisy wykonawcze w tym zakresie, utworzyła i administrowała systemem informatycznym udostępnionym państwom członkowskim oraz która jest odbiorcą przekazywanych informacji. Na poziomie krajowym w realizację zadań w ramach tego procesu są zaangażowane: Ministerstwo Finansów (Departament Ochrony Interesów Finansowych UE zapewniający realizację zadań Pełnomocnika Rządu do Spraw Zwalczania Nieprawidłowości Finansowych na Szkodę Rzeczypospolitej Polskiej lub Unii Europejskiej), agencje płatnicze (Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa oraz Agencja Rynku Rolnego), Biuro Pomocy Technicznej Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi, Fundacja Programów Pomocy dla Rolnictwa (FAPA), a także samorządy województw.
Wymienione instytucje opracowały i wdrożyły niezbędne dokumenty ramowe i procedury wewnętrzne, zapewniły odpowiednią obsadę kadrową do obsługi systemu oraz prawidłowo realizowały zadania wynikające z przepisów UE. Stwierdzone w kontroli niedotrzymywanie terminów zgłoszeń nieprawidłowości do KE (w ponad połowie przypadków), w szczególności przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, nie spowodowało powstania błędów finansowych. Agencja w celu wyeliminowania opóźnień podjęła działania naprawcze.
Według danych KE za 2013 r. raporty nieprawidłowości zgłaszane są przez Polskę średnio 10 miesięcy po wykryciu, podczas gdy wskaźnik terminowości raportowania nieprawidłowości przez wszystkie państwa członkowskie w ramach Wspólnej Polityki Rolnej wynosił 20 miesięcy.