Zgodnie z art. 75 ust. 2 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=165970]ustawy z dnia 10 czerwca 1994r. o zamówieniach publicznych (Dz. U. z 2002r. Nr 72, poz. 664)[/link], odpowiadającemu w swej treści art. 147 ust. 2 zd. 1 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=172222]ustawy z dnia 29 stycznia 2004r. Prawo zamówień publicznych (Dz. U. Nr 19, poz. 177 ze zm.)[/link], zabezpieczenie należytego wykonania umowy służy do pokrycia roszczeń z tytułu niewykonania lub nienależytego wykonania zamówienia. Funkcją instytucji "zabezpieczenia" jest zatem umożliwienie zamawiającemu zaspokojenia jego roszczeń wynikłych z niewłaściwego wywiązania się wykonawcy z zobowiązania określonego treścią umowy w sprawie zamówienia publicznego, poprzez pokrycie tych roszczeń z kwoty zabezpieczenia bez konieczności występowania na drogę sądową.
Przepisy dotyczące zamówień publicznych, ani w wersji uchylonej, ani obecnie obowiązującej, nie regulują kwestii związanych z roszczeniami z tytułu niewykonania lub nienależytego wykonania zamówienia, odsyłając w tym zakresie, stosownie do dyspozycji art. 139 ust. 1 Prawa zamówień publicznych (art. 72 ust. 1 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=BFD3C4E64C79E9C0E7E97BC11AE3DD64?id=358718]ustawy o zamówieniach publicznych[/link]) do przepisów [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=F763FE25C4F62C93FF75DD8AE0016F62?id=70928]kodeksu cywilnego[/link].
Zgodnie z art. 471 k.c. dłużnik obowiązany jest do naprawienia szkody wynikłej z niewykonania lub nienależytego wykonania zobowiązania, chyba że niewykonanie lub nienależyte wykonanie jest następstwem okoliczności za które dłużnik odpowiedzialności nie ponosi. Skutkiem zachowania się dłużnika niezgodnego z treścią zobowiązania jest więc jego odpowiedzialność odszkodowawcza wiążąca się jednocześnie z roszczeniem wierzyciela do naprawienia szkody. Uprawnienia przysługujące wierzycielowi w przypadku niewykonania lub nienależytego wykonania zobowiązania uregulowane są w działach II i III tytułu VII księgi trzeciej kodeksu cywilnego zatytułowanych "Skutki niewykonania zobowiązań" oraz "Wykonanie i skutki niewykonania zobowiązań z umów wzajemnych".
Mając powyższe na uwadze należy stwierdzić, iż zamawiający może pokryć środkami z zabezpieczenia należytego wykonania umowy należności, których dochodzenie jest dozwolone przepisami prawa lub postanowieniami umowy, jako sposobu naprawienia szkody spowodowanej niewykonaniem lub nienależytym wykonaniem zamówienia, w tym również wykonania zastępczego czy zapłaty zastrzeżonej w umowie sumy (kary umownej).