MAK powstał cztery dni po oficjalnym upadku Związku Radzieckiego - 30 grudnia 1991 roku. Mimo to kontroluje przestrzeń powietrzną nad dawnym blokiem sowieckim (krajami należącymi do Wspólnoty Niepodległych Państw).
Jak każda firma na wolnym rynku pobiera opłaty, np. za wydawanie certyfikatów. A jednocześnie ma status przedstawicielstwa dyplomatycznego w Rosji, mimo iż tam znajduje się jego siedziba.
Najbardziej kontrowersyjny jest fakt, że MAK orzeka o przyczynach katastrof lotniczych, w których wykorzystywany jest certyfikowany przez niego sprzęt czy lotnisko. To właśnie MAK dopuścił do użytku obiekt Smoleńsk-Siewiernyj, na którym rozbił się polski rządowy samolot z prezydentem Lechem Kaczyńskim na pokładzie.
Zdarza się, że prowadzi to do międzynarodowych skandali. Ormiańska prasa naciskała na wystąpienie Armenii z MAK, po tym jak winą za katastrofę ormiańskiego Airbusa A320, została obarczona załoga. Komitet zataił błędy obsługi i fatalny stan lotniska, które certyfikował.
Szefowa MAK Tatiana Anodina jest akcjonariuszką... rosyjskich linii lotniczych Transaero. Założył je jej syn, który jest ich współwłaścicielem.
