Zespół powołany do wyjaśnienia przypadków łamania praw człowieka bada, jaką rolę odegrali wówczas kapłani, przedsiębiorcy i Indianie.
Bohaterem jednej z pierwszych spraw, którą mają się zająć członkowie grupy roboczej Państwowej Komisji Prawdy, jest Anivaldo Pereira Padilha, dziennikarz i były więzień polityczny, wierny Kościoła metodystycznego. W latach 70., gdy władzę sprawowali wojskowi, zajmował się pracą z młodzieżą i redagował pismo dla niej. „Zostałem zadenuncjowany za moją działalność kościelną" – mówi Padilha cytowany przez portal dziennika „Correio Braziliense". Padilha był więziony i torturowany, skazany na wygnanie. Do kraju wrócił po ogłoszeniu przez wojskowych w 1979 roku ustawy o amnestii. Dopiero wtedy zobaczył swojego ośmioletniego syna. Alexandre Padilha, działacz lewicowej Partii Robotniczej (PT), dziś jest ministrem zdrowia.
Anivaldo Padilha, jak wynika z jego słów, został wydany przez duchowych Kościoła, do którego należał. Badacze Komisji Prawdy chcą jednak opisać nie tylko postawę, jaką wobec rządów wojskowych zajęli duchowni metodystyczni, ale też kapłani Kościołów: prezbiteriańskiego, ewangelicko-augsburskiego, baptystycznego i katolickiego. – Nie zamierzamy stawiać żadnego Kościoła na miejscu uprzywilejowanym – zapewnił profesor Paulo Sergio Pinheiro, który kieruje zespołem badawczym.
Wojskowi rządzili w Brazylii w latach 1964–1985. Ich celem, oprócz uzdrowienia gospodarki, było zwycięstwo nad komunizmem, którego zwolennicy dążyli do stworzenia drugiej Kuby lub Chin. Ideologia komunistyczna znalazła w Ameryce Łacińskiej zwolenników nie tylko wśród partyzantów, ale i chrześcijan świeckich oraz duchownych, zwłaszcza wśród wyznawców tak zwanej teologii wyzwolenia.
W sąsiedniej Argentynie postępowi duszpasterze skupieni w ruchu Księża w Opcji Preferencyjnej na rzecz Ubogich (COPP) wezwali właśnie episkopat, by jasno ocenił postawę ludzi Kościoła katolickiego wobec junty wojskowej rządzącej w latach 1976–1983.