Nowelizacja najbardziej ucieszy beneficjentów, których projekty konkursowe były bardzo wysoko ocenione, lecz znalazły się minimalnie poniżej premiowanego progu punktowego. Wytyczne wskazują bowiem możliwość uruchomienia w takich sytuacjach procedury odwoławczej.
Najistotniejsza zmiana polega na wskazaniu, że za przykład negatywnej oceny projektu, od której przysługuje odwołanie, można uznać sytuację, w której projekt przeszedł pozytywnie wszystkie etapy oceny, ale w ostatecznym rezultacie nie został zakwalifikowany do dofinansowania ze względu na wyczerpanie puli środków przewidzianych dla danego konkursu. W związku z tym projekt został umieszczony na tzw. liście rezerwowej lub liście rankingowej na pozycji, która uniemożliwia wnioskodawcy podpisanie umowy o dofinansowanie. W efekcie ostateczny wynik oceny jest dla niego negatywny, dlatego systemy poszczególnych programów operacyjnych przewidujących istnienie listy rezerwowej lub rankingowej powinny umożliwiać wnioskodawcy wniesienie środków odwoławczych od przeprowadzonej oceny.
Uruchomienie procedury odwoławczej nie jest jednak możliwe, gdy nie może dojść do podpisania umowy o dofinansowanie z wnioskodawcami pozytywnie ocenionych projektów ze względu na wyczerpanie dostępnej alokacji przewidzianej na działanie lub priorytet. Nie pozwala na to brzmienie art. 30a ust. 1 pkt 2 ustawy z 6 grudnia 2008 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, co zostało w sposób precyzyjny wskazane w zmienionych wytycznych.
Zmiana wyrównuje zatem sytuację prawną wszystkich podmiotów ubiegających się o dofinansowanie w tym samym konkursie. Dotychczasowe sformułowanie mogło wywoływać wrażenie, że większą ochroną prawną objęci byli wnioskodawcy, których projekty zostały odrzucone, ponieważ oni mogli się odwoływać, natomiast ci, których projekty zostały zamieszczone na liście rezerwowej lub na liście rankingowej na pozycji uniemożliwiającej bezpośrednie podpisanie umowy o dofinansowanie, musieli czekać na uwolnienie dodatkowych środków, bez możliwości weryfikacji wyników oceny ich projektów. Nowelizacja wskazuje na możliwość rozwiązania tego problemu poprzez szeroką interpretację pojęcia „negatywnej oceny”.
Nowelizacja wytycznych niesie również inne ważne zmiany. Wprowadza między innymi zalecenie, aby podczas ponownej oceny przeprowadzonej w wyniku pozytywnego rozpatrzenia środków odwoławczych weryfikowane były jedynie te elementy oceny pierwotnej projektu, które były przedmiotem procedury odwoławczej. Oznacza to, że nie powinna być powtarzana ocena projektu w pełnym zakresie, lecz jedynie te jej elementy, które zaważyły na otrzymaniu oceny uniemożliwiającej zakwalifikowanie projektu do dofinansowania.