Tymczasem zarówno zdolność prawną, jak i zdolność do czynności prawnych w rozumieniu cywilnoprawnym ma gmina. Urzędy nie wykonują samodzielnie działalności gospodarczej, działają zaś w imieniu i na rzecz jednostek samorządu, w ramach których zostały one wydzielone. Innymi słowy, każde działanie urzędów obsługujących gminę jest w istocie działaniem gminy. Z tych względów to właśnie gmina, a nie obsługujące je urzędy powinny mieć status podatników VAT. W tym zakresie pomimo rozbieżnej praktyki urzędów w przeszłości od pewnego momentu utrzymuje się dość jednolite orzecznictwo. W konsekwencji obecnie można zaobserwować pewną tendencję do wyrejestrowywania urzędów z ewidencji podatników VAT.
Jednostki budżetowe
W ostatnim czasie największe zamieszanie w kwestii podmiotowości podatkowej jednostek samorządu terytorialnego wywołała uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 czerwca 2013 r. (sygn. I FPS 1/13). Potwierdziła ona, że gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami VAT, ponieważ nie wykonują samodzielnie działalności gospodarczej.
Zdaniem NSA cechą charakterystyczną gminnej jednostki budżetowej (czyli podmiotów także takich jak: szkoły, domy kultury) jest brak własnego mienia i dysponowanie jedynie wyodrębnioną i przekazaną w zarząd częścią majątku osoby prawnej, jaką jest gmina. Brak jest także samodzielności finansowej (gminna jednostka budżetowa pokrywa swoje wydatki bezpośrednio z budżetu gminy, a dochody odprowadza na jej rachunek). Trudno więc w przypadku takiego podmiotu mówić o samodzielności w prowadzeniu działalności. Konkluzji tej nie zmienia fakt pewnego wyodrębnienia organizacyjnego gminnych jednostek budżetowych.
Konsekwencje orzeczenia NSA
Uchwała zaprzeczyła dotychczasowej jednolitej praktyce organów skarbowych w zakresie uznawania jednostek budżetowych gmin za podatników VAT. Wywołała również szereg kontrowersji związanych z jej potencjalnymi konsekwencjami. W szczególności pojawiło się pytanie o konieczności dokonania korekt rozliczeń zarówno samych gmin, jak i ich jednostek budżetowych – w zakresie podatku należnego, ale i prawa do odliczenia podatku naliczonego. Co prawda Ministerstwo Finansów w komunikacie wydanym bezpośrednio po ogłoszeniu uchwały – 9 lipca 2013 r. – wskazało, że „nie będą kwestionowane dotychczasowe rozliczenia gminnych jednostek budżetowych jako podatników VAT", natomiast zapowiedziało również wydanie wytyczne w zakresie dalszych rozliczeń VAT.
Należałoby oczekiwać, że MF wyda interpretację ogólną w tym zakresie. Co ciekawe, analiza interpretacji indywidualnych wydanych po ogłoszeniu uchwały wskazuje, że dotychczasowe podejście organów podatkowych się nie zmieniło.
Jednocześnie można twierdzić, że gminy, które ponosiły nakłady na inwestycje, przekazane następnie jednostkom budżetowym, mają więcej argumentów za możliwością odliczenia VAT naliczonego od wydatków na nakłady. Dotychczas organy często twierdziły, że w takim przypadku gminom nie przysługiwało to prawo z uwagi na brak związku z dokonywanymi czynnościami opodatkowanymi.