Porozumienie niemal wszystkich sił politycznych w kwestii podpisania i ratyfikacji traktatu reformującego Unię Europejską, w tym podpisania Karty praw podstawowych z tzw. protokołem brytyjskim, stwarza przyjazny klimat do merytorycznej dyskusji na temat korzyści i ryzyka prawnego związanego z Kartą praw podstawowych.
Karta praw podstawowych przyjęta 7 grudnia 2000 r. jako uroczysta proklamacja Parlamentu Europejskiego, Rady i Komisji Europejskiej, określa wspólne wartości europejskie. Pierwotnie była pomyślana jako dokument o charakterze politycznym. Miała ona legitymizować działania instytucji europejskich cierpiących na deficyt legitymacji demokratycznej, tworzyć tożsamość europejską. W trakcie prac nad konstytucją europejską, a po jej fiasku nad traktatem reformującym uzgodniono, że Karta uzyska rangę prawa pierwotnego, tj. moc równą traktatom. Karta zawiera szereg aktualnych rozwiązań z zakresu praw człowieka. Na plan pierwszy wysuwa godność osoby ludzkiej, której poszanowanie i ochrona – z mocy art. 1 Karty – jest obowiązkiem wszystkich instytucji europejskich i krajów członkowskich. Zakazuje praktyk eugenicznych, klonowania reprodukcyjnego i komercjalizacji ciała ludzkiego. Karta powtarza wiele regulacji z europejskiej konwencji o ochronie praw człowieka i prawa międzynarodowego, chroniąc np. prawo do życia, prawa dziecka, wolność sumienia, prywatność, wolność zgromadzeń, prawo do sądu etc. Gwarantuje też w szerszym zakresie niż Konstytucja RP czy Ustawa Zasadnicza Niemiec prawo do „wykonywania swobodnie wybranego lub zaakceptowanego zawodu”, co może mieć znaczenie w sporach o dostęp do zawodów regulowanych.
Niektóre przepisy Karty budzą jednak – zdaniem niektórych przedstawicieli nauki – wątpliwości prawne. Najczęściej wskazuje się na art. 9, który gwarantuje prawo do zawarcia małżeństwa i założenia rodziny „zgodnie z ustawami krajowymi regulującymi korzystanie z tych praw”. Brzmienie tego przepisu wskazuje, że udziela on ochrony – odmiennie niż art. 18 Konstytucji RP – także związkom osób tej samej płci.
Zastrzeżenia są również formułowane pod adresem art. 21, który eksponuje zakaz różnicowania praw osób ze względu na deklarowaną orientację seksualną. Przepis ten, zdaniem części doktryny, może być podstawą żądania przywilejów socjalnych lub podatkowych (np. wspólnego rozliczania się z podatku dochodowego) przez partnerów, a nawet instytucjonalizacji związków partnerskich. Nie jest bowiem jasne, czy odesłanie z art. 9 Karty do ustawodawstwa krajowego, które może być interpretowane jako wyjątek nienaruszający istoty prawa do założenia rodziny lub małżeństwa, obejmuje zarejestrowane lub nieformalne związki partnerskie. Najwięcej wątpliwości w doktrynie rodzi ujęcie prawa do prywatności. Wskazuje się, że prawo to może być interpretowane jako obejmujące nie tylko uprawnienie do decydowania o swoim życiu osobistym, ale także uprawnienie do żądania przerwania ciąży. Podkreśla się, że mainstream europejskiej opinii polityczno-prawnej nie uznaje płodu za podmiot prawa do życia i godności, a nawet za wartość przedmiotową uzasadniającą ograniczenie wolności kobiety. Za poglądem tym ma przemawiać już samo brzmienie Karty, która z zakazu klonowania wyłącza klonowanie terapeutyczne.
Oficjalną wskazówkę co do kierunków wykładni Karty daje opinia powołanej przez Komisję Europejską na wniosek Parlamentu Europejskiego „sieci ekspertów ds. monitorowania sytuacji praw podstawowych w państwach członkowskich na podstawie Karty”. Wskazano w niej, że konkordaty Stolicy Apostolskiej z państwami członkowskimi gwarantujące wolność sumienia lekarzy, farmaceutów czy urzędników są zgodne z prawem wspólnotowym, ale tylko pod warunkiem, że efektywność „prawa do legalnej aborcji” (wyprowadzanego z faktu częściowej dekryminalizacji przerwania ciąży), „prawa do legalnej eutanazji” (wyprowadzanego z faktu częściowej dekryminalizacji eutanazji) i „prawa do zawierania związków osób tej samej płci” będą efektywnie gwarantowane. Wolność sumienia musi ustąpić efektywnej egzekucji tych „praw”.