W 1919 roku Zdziechowski został rektorem wskrzeszonego wówczas Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie. To on zainicjował na wileńskiej uczelni badania nad fenomenem komunizmu i nazizmu.

Komunizm, a potem hitleryzm postrzegał jako „wkroczenie jakichś ciemnych, apokaliptycznych potęg na widownię dziejów”. Czesław Miłosz, który studiował na wileńskiej uczelni, tak wspominał Zdziechowskiego: „Dla większej części młodzieży, uwikłanej w zażarte spory pomiędzy skrajną prawicą i lewicą, był tylko szacownym zabytkiem minionej epoki. Naszym zdaniem (...) jego nawoływania o niebezpieczeństwie grożącym światu ze strony komunizmu i nacjonalizmu odznaczały się zabarwieniem żałośliwie–maniakalnym (...) Dopiero potem, po latach, wielu z nich miało drogą gorzkich doświadczeń powrócić do niektórych prawd głoszonych przez Zdziechowskiego”.