W kodeksie karnym skarbowym są instytucje prawne skutkujące zaniechaniem ukarania sprawcy lub złagodzeniem grożących mu sankcji. Warunkiem podstawowym ich zastosowania jest uiszczenie należności publicznoprawnej uszczuplonej czynem zabronionym. Mowa o tzw. czynnym żalu, korekcie deklaracji (zeznania), dobrowolnym poddaniu się odpowiedzialności, skazaniu bez rozprawy i o dobrowolnym poddaniu się karze.
Gdy podatnik zawiadomi urząd skarbowy na piśmie, że popełnił czyn zabroniony przez k.k.s., np. nie złożył w terminie deklaracji dla podatku VAT, zanim urząd sam będzie miał w tej kwestii wyraźnie udokumentowaną wiadomość, i wraz z zawiadomieniem złoży tę zaległą deklarację oraz zapłaci wynikający z niej podatek z odsetkami za zwłokę, uniknie co do zasady odpowiedzialności karnej skarbowej (tzw. czynny żal). Organ ścigania nie będzie mógł wówczas wszcząć postępowania, a już wszczęte będzie zobowiązany umorzyć.
Tak samo nie będzie podlegał karze podatnik, który złoży prawnie skuteczną korektę deklaracji (zeznania) wraz z uzasadnieniem przyczyn korekty i w całości uiści należność. Z tego rodzaju przypadkami będziemy mieli do czynienia, gdy w toku kontroli fiskus uzna np., że podatnik zawyżył koszty uzyskania przychodów lub podatek VAT naliczony do odliczenia. Wówczas poprawienie rozliczenia, bez oczekiwania na decyzję podatkową i zapłata zaległości podatkowej z odsetkami, zwolni zasadniczo sprawcę z odpowiedzialności karnej skarbowej.
K.k.s. przewiduje też możliwość porozumienia się sprawcy z organem prowadzącym postępowanie w celu ugodowego załatwienia sprawy, pod stałym warunkiem uiszczenia w całości wymagalnej należności. Chodzi o tzw. dobrowolne poddanie się odpowiedzialności, do którego może dojść tylko za zgodą sądu wyrażoną w wyroku. Wydanie wyroku poprzedzają jednak negocjacje z organem postępowania przygotowawczego co do wysokości kary grzywny i kosztów postępowania, jaką sprawca powinien zapłacić. W razie dojścia do porozumienia dane sprawcy nie podlegają ujawnieniu w Krajowym Rejestrze Karnym.
Po wejściu sprawy na wokandę sprawca ma szansę na jej ugodowe załatwienie, pod warunkiem, że ureguluje należność. W każdym takim wypadku zostanie jednak formalnie skazany. Może dojść do tzw. skazania bez rozprawy i orzeczenia przez sąd kary uzgodnionej ze sprawcą, przy czym w grę wchodzi orzeczenie kary nadzwyczajnie złagodzonej, a nawet odstąpienie od jej wymierzenia. Oskarżony może też dobrowolnie poddać się karze, o ile na zaproponowany przez niego wymiar kary zgodzi się sąd, a prokurator lub finansowy organ postępowania przygotowawczego nie zgłoszą sprzeciwu.
