Podobnie jak w przypadku aspektów podatkowych, również w ustawie o rachunkowości (dalej: uor) nie ma uregulowań dotyczących refakturowania. Co za tym idzie, koszty oraz przychody związane z tą czynnością należy ujmować w księgach zgodnie z generalną zasadą, określoną w art. 6 ust. 1 uor. Mówi ona, że przypadające na rzecz jednostki przychody oraz obciążające ją koszty związane z tymi przychodami dotyczące danego roku obrotowego ujmuje się w księgach rachunkowych niezależnie od terminu ich zapłaty (a więc zgodnie z zasadą memoriału).Wszelkie koszty oraz przychody dotyczące refakturowania powinny być dla celów bilansowych ewidencjonowane w jednym okresie sprawozdawczym.
Przychody wynikające z refakturowania oraz podlegające mu koszty mają z reguły pośredni związek z prowadzoną przez daną jednostkę działalnością. Należy je zatem ewidencjonować odpowiednio na kontach „Pozostałe przychody operacyjne" oraz „Pozostałe koszty operacyjne".
Przykład
Spółka X jest najemcą lokalu użytkowego, który najmuje od spółki Y za 20 000 zł netto miesięcznie (+ VAT 23 proc.). Spółka X na podstawie zawartej umowy podnajmuje spółce Z pomieszczenie magazynowe i obciąża ją z tego tytułu czynszem najmu w wysokości 5 000 zł netto.
Ewidencja księgowa w spółce X:
