Podczas narady kierownictwa Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego o planach pracy agenturalnej z klerem 18 lipca 1949 roku płk Julia Brystygierowa, dyrektor Departamentu V w resorcie, zaproponowała, aby rozszerzyć dotychczasową praktykę tych działań. „Tutaj idzie nie tylko o takich księży, których zwerbowano na kompromitujących materiałach, idzie naprawdę o wyłuskanie tych elementów, które nie zgadzają się z polityką Watykanu, posunięciami episkopatu, które naprawdę możemy pozyskać dla przeciwstawienia się polityce Watykanu, które mogą i będą stanowiły lojalne duchowieństwo polskie".
Przeciwko „xiążęco- -biskupiej" kurii
Były to czasy, kiedy komunizm w Polsce działał prężnie i szybko. Zatem już 1 i 2 października tego samego roku na odbywającym się w Warszawie zjeździe zjednoczeniowym organizacji kombatanckich zadecydowano, że z powstałego wtedy Związku Bojowników o Wolność i Demokrację (ZboWiD) wydzielona zostanie sekcja księży-byłych więźniów obozów koncentracyjnych. Tak się stało i 12 stycznia 1950 powstała Komisja Księży przy Zarządzie Głównym ZBoWiD, a zaraz potem komisje lokalne przy wojewódzkich zarządach Związku.
Tak doszło do praktycznej realizacji pomysłu płk Brystygierowej, co było widoczne aż nadto dobrze po treści i formie działań tej grupy w ciągu najbliższych kilku lat. Gdyby jednak ktoś miał wątpliwości w kwestii inspiracji ruchu „księży-patriotów", mógłby sięgnąć do Archiwum Głównej Komisji Księży, gdzie w dokumencie z początków jej działalności napisano czarno na białym, że „nastawienie" (czyli dyrektywy ideowo-polityczne) ma dawać Głównej Komisji „towarzysz pracujący w KC PZPR po tej linii, częściowo Zarząd Polityczny MBP", a także dyrektor Urzędu do spraw Wyznań. Podobny schemat organizacyjny obowiązywał na poziomie lokalnych Komisji Księży.
28 lutego 1950 roku sprecyzowano założenia ideowe ruchu i wybrano władze. „Księża-patrioci" ogłosili: „Jeśli chodzi o wiarę – jesteśmy całkowicie zgodni z episkopatem, jeśli jednak chodzi o poglądy społeczne i polityczne – jesteśmy z ludem polskim!". Przewodniczącym Prezydium Głównej Komisji Księży został ks. Edmund Konarski, jego zastępcami – ks. Bonifacy Woźny, ks. Józef Bartel, ks. płk Wacław Pyszkowski, sekretarzem Prezydium – ks. Roman Szemraj. Do GKK weszli też m.in. księża: Antoni Lemparty, Stanisław Owczarek i Stanisław Skurski.
Jednak mimo że proweniencja „księży-patriotów" była wstydliwa, problem nie sprowadzał się ani do agenturalnego charakteru związków wielu jego działaczy z UB, ani do schematu organizacyjnego opisującego mechanizmy inspiracji ideowo-politycznej tej organizacji. Nie wszyscy „księża-patrioci" byli formalnie zwerbowani przez Urząd Bezpieczeństwa. I dalece nie każde przedsięwzięcie propagandowe ruchu musiało być inspirowane przez Partię, UB i aparat wyznaniowy.
Taka inspiracja nie zawsze była konieczna. Problem (realna dolegliwość tego ruchu dla Kościoła w Polsce) polegał bowiem na tym, że jego działacze sami przejawiali ogromne zaangażowanie w „budowę socjalizmu". Inaczej mówiąc, nie tylko „korek, worek i rozporek" (skłonność części kleru do alkoholu, pieniędzy i zażyłych stosunków z kobietami), jak mawiano w bezpieczniackim żargonie o motywach werbunku duchownych, decydował o relatywnym powodzeniu tego przedsięwzięcia.