Zgodnie z art. 56 p.w.p. wynalazek może być uznany za tajny, jeżeli został dokonany przez obywatela polskiego i dotyczy obronności (rodzaje broni bądź sprzętu wojskowego oraz sposoby walki) lub bezpieczeństwa państwa (środki techniczne stosowane przy czynnościach operacyjno-rozpoznawczych, nowe rodzaje wyposażenia i sposoby jego wykorzystywania).
Aktem wykonawczym w tej mierze jest rozporządzenie Rady Ministrów z 23 lipca 2002 r. w sprawie wynalazków i wzorów użytkowych dotyczących obronności lub bezpieczeństwa państwa. Za wynalazki tajne uważa się m.in.: rozwiązania w zakresie broni, amunicji, materiałów wybuchowych, urządzeń celowniczych i obserwacyjnych, bojowych pojazdów mechanicznych, metod maskowania oraz wykrywania zakamuflowanego sprzętu bojowego. Organem rozstrzygającym o tajnym charakterze ww. wynalazków jest Minister Obrony Narodowej. Natomiast Szef ABW oraz minister właściwy ds. wewnętrznych rozstrzygają w przypadku wynalazków tajnych o znaczeniu istotnym dla bezpieczeństwa państwa. Pojęcie „bezpieczeństwa" odnosi się zarówno do stosunków zewnętrznych, jak również do bezpieczeństwa wewnętrznego (np. strategicznych dziedzin gospodarki). Mogą to być np. rozwiązania dotyczące środków specjalnych informatyki, środków wykrywania skażeń promieniotwórczych, chemicznych i mikrobiologicznych czy też specjalnych środków technicznych, wyposażenia i sprzętu stosowanych przy wykonywaniu czynności operacyjno-rozpoznawczych (związanych szczególnie z działalnością wywiadu oraz kontrwywiadu). Wymienione w rozporządzeniu egzemplifikacje wykorzystania mają charakter przykładowy, co daje możliwość uznania za wynalazek tajny również innych rozwiązań, mających znaczenie dla obronności i bezpieczeństwa państwa.
Co jest tajemnicą
Wynalazek tajny stanowi tajemnicę państwową (art. 57 ust 1 p.w.p.), jednakże pojęcie „tajemnicy państwowej" zostało rozbite w art. 5 ustawy o ochronie informacji niejawnych z 2010 r. na informację niejawną o klauzuli „tajna" oraz „ściśle tajna". W kontekście wynalazku tajnego będą to zatem wszelkie informacje, których nieuprawnione ujawnienie może przykładowo: osłabić gotowość obronną państwa, zagrozić jego bezpieczeństwu lub konstytucyjnemu porządkowi, doprowadzić do identyfikacji oraz zagrozić życiu funkcjonariuszy lub pracowników służb odpowiedzialnych za realizację zadań wywiadu lub kontrwywiadu. Art. 5 (ust. 1 pkt 1) cytowanej ustawy wymienia w tej mierze także osoby udzielające pomocy funkcjonariuszom Służb Specjalnych lub wojsku. W związku z tym można się zastanawiać, czy tajemnicę państwową będą stanowiły także informacje mogące doprowadzić do identyfikacji twórcy wynalazku tajnego. Za ujawnienie wynalazku tajnego lub bezprawne wykorzystanie dotyczących go informacji grozi kara pozbawienia wolności od 3 miesięcy do lat 5, w przypadku zaś działania w imieniu lub na rzecz podmiotu zagranicznego kara pobawienia wolności wynosi od 6 miesięcy do lat 8 (art. 265 k.k.)
Osoba, której przysługuje prawo do uzyskania patentu na wynalazek tajny, może zawiadomić o jego wykonaniu Szefa ABW lub Ministra Obrony Narodowej. Poinformowany o wynalazku organ, po dokonaniu uprzedniej oceny podejmuje decyzję o nadaniu lub odmowie nadania charakteru tajnego. Urząd Patentowy RP jest w obowiązku przesłania Ministrowi Obrony Narodowej, Szefowi ABW lub ministrowi właściwemu ds. wewnętrznych wykazu zgłoszonych wynalazków mogących dotyczyć obronności albo bezpieczeństwa państwa, a także – na żądanie tych organów – opisy i rysunki wynalazków. Zgłoszenia wynalazku tajnego w Urzędzie Patentowym RP dokonuje się tylko w celu zastrzeżenia pierwszeństwa do uzyskania patentu. W okresie, w jakim zgłoszony wynalazek pozostaje tajny, Urząd Patentowy nie rozpatruje takiego zgłoszenia, zagwarantowane jednak zostaje zastrzeżenie pierwszeństwa dla uzyskania patentu. Postanowienie o tajności wynalazku może zostać podjęte także po zgłoszeniu wynalazku do Urzędu Patentowego. Zgłoszenie takie będzie posiadać zastrzeżone pierwszeństwo, bez rozpatrywania go przez Urząd Patentowy RP. W przypadku odmowy uznania wynalazku za tajny zgłaszający może złożyć wniosek o udzielenie patentu na wynalazek („pełne" zgłoszenie w celu rejestracji) albo wycofać go. W przypadku braku złożenia stosownego wniosku lub wycofania zgłoszenia domniemywa się, że zostało ono wycofane i umarza postępowanie.
Jednorazowe odszkodowanie
Prawo do uzyskania patentu na wynalazek tajny zgłoszony w Urzędzie Patentowym w celu zastrzeżenia pierwszeństwa przechodzi, za odszkodowaniem, na Skarb Państwa reprezentowany odpowiednio przez Ministra Obrony Narodowej, Szefa ABW lub ministra właściwego ds. wewnętrznych. Wysokość takiego odszkodowania jest określana według wartości rynkowej wynalazku i powinna być ustalona w ramach porozumienia stron, w razie zaś jego niezaistnienia, w drodze ustalenia przez organ zajmujący się tajnym wynalazkiem. Kwota ta powinna być wypłacona ze środków budżetu państwa lub być wypłacana częściowo co roku, lecz przez maksymalnie 5 lat. Jeżeli uprawniony nadal nie zgodzi się z wysokością kwoty ustalonej przez ww. organy, na podstawie art. 284 pkt 5 p.w.p. przysługuje mu prawo wniesienia sprawy o odszkodowanie do sądu powszechnego, który w postępowaniu cywilnym ustali zarówno wysokość, jak i zasady wypłaty zasądzonej sumy. Twórca wynalazku tajnego, który otrzymał odszkodowanie jednorazowo, prawdopodobnie może dochodzić przed sądem także różnicy między kwotą już wypłaconą a wynikającą ze stosowania wynalazku.