Postępowanie w sprawie wznowienia składa się zasadniczo z trzech faz: badanie formalne wniosku (termin, wymagania stawiane pismom procesowym), badanie czy istnieją przesłanki wznowienia oraz rozstrzygnięcie sprawy, co do istoty. Organ prowadzący to postępowanie nie ma kompetencji do powtórnego rozpatrzenia sprawy merytorycznie, zaś istotą rozstrzygnięcia postępowania wznowieniowego jest - co do zasady - wyłącznie wpływ przesłanek wznowienia na wynik sprawy.
Może zdarzyć się jednak, że organ do którego wniesiono żądanie, pozostawi podanie bez rozpatrzenia, odmówi wznowienia postępowania lub wyda decyzję rozstrzygającą, co do istoty sprawy, niekorzystną dla wnoszącego to żądanie.
Właściwość rzeczowa organów
Organem właściwym w sprawie wznowienia postępowania, do którego należy złożyć wniosek, jest organ, który wydał decyzję w ostatniej instancji (art. 244 § 1 Ordynacji podatkowej).
Jeśli decyzja organu I instancji nie była zaskarżona (zyskała przymiot ostateczności), to właściwym będzie ten właśnie organ, np. naczelnik urzędu skarbowego.
W przypadku zaś decyzji ostatecznych utrzymujących w mocy decyzję organu pierwszej instancji, właściwym będzie organ odwoławczy; najczęściej dyrektor izby skarbowej.