Minister finansów Irlandii Brian Lenihan uważał, że prezesem sztandarowego banku kraju powinien być ktoś z zewnątrz, a nie osoba związana z tą instytucją od dawna – czyli również odpowiedzialna za obecną fatalną sytuację finansową banku.
52-letni Doherty był w zarządzie AIB (do banku należy ponad 70 proc. Banku Zachodniego WBK) od 2003 r., czyli wtedy, kiedy podejmowano niedobre decyzje. Jednak jego przyjaciele zapewniają, że sprzeciwiał się on najgorszym z tych decyzji. Ewentualnie Lenihan chciał awansować na to stanowisko szefa rady nadzorczej Dana O’Connora.
Zanim doszło do awansu Doherty’ego, O’Connor spotykał się z Lenihanem wielokrotnie. Minister sugerował różne kandydatury, O’Connor je odrzucał. Najpoważniejszym rywalem Doherty’ego był Liam McGee z Bank of America, który się wycofał, kiedy zobaczył, ile formalności jest związanych z tą posadą. Wreszcie resort doszedł do wniosku, że nie znajdzie się żaden cudzoziemiec, którego na stanowisku usatysfakcjonowałoby 500 tys. euro rocznej pensji. Bo taką granicę wyznaczyło Ministerstwo Finansów.
Ostatecznie O’Connor doszedł do porozumienia z Dohertym, który oddał część swojej władzy na rzecz zarządu i został prezesem w listopadzie 2009. Ma także blisko współpracować z wiceprezesem ds. finansowych i drugim, odpowiedzialnym za podejmowanie ryzyka. Obydwaj mają wywodzić się spoza banku. Za ryzyko odpowiedzialność wziął Michael Somers, były szef Agencji Zarządzającej Skarbem Państwa. Doherty’emu bezpośrednio podlegają wszystkie transakcje walutowe.
Doherty był prezesem GE Ireland w czasach, kiedy prezesem całego koncernu był niezwykle wymagający Jack Welch. Jest doświadczonym graczem na rynkach kapitałowych, jest także skuteczny w pozyskiwaniu prywatnego kapitału. Z GE przeniósł się do First National Bank of Chicago. Z AIB jest związany od 1988 roku, kiedy to dostał pracę w AIB International. 13 lat później był już szefem tego departamentu. Po trzech latach został szefem bankowości inwestycyjnej i rynków kapitałowych. Dyrektorem wykonawczym AIB jest od lutego 2003 r.