Samorządy kwestionują głównie brak możliwości odwołania się od rozstrzygnięć komisji do sądu, a prezydent Krakowa już wielokrotnie zapowiadał, że jeśli miasto nie uzyska satysfakcjonującej je odpowiedzi, zaskarży przepis [link=http://aktyprawne.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=71322]ustawy o stosunku państwa do Kościoła[/link] do Trybunału Konstytucyjnego, a jeżeli będzie trzeba – do Trybunału w Strasburgu.
– Obecny stan budzi uzasadnione wątpliwości dotyczące zgodności z art. 77 ust. 2 [link=http://aktyprawne.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=77990]konstytucji[/link], który gwarantuje, że ustawa nie może nikomu zamykać drogi sądowej dochodzenia naruszonych wolności lub praw – mówi dr Paweł Leszczyński, specjalista prawa wyznaniowego. – Uchwała NSA w tej sprawie będzie miała charakter precedensowy, istotny również dla pozostałych czterech komisji regulacyjnych wzorowanych na Komisji Majątkowej. Samorządy nie mogą się dowiadywać o przyznaniu Kościołowi ich gruntów dopiero po fakcie. Pora wprowadzić jasne kryteria czasowe dotyczące terminu wydawania przez komisję orzeczeń – dodaje Leszczyński.
Wątpliwości wzbudza też to, że Komisja Majątkowa działa na podstawie zarządzenia szefa Urzędu Rady Ministrów z 8 lutego 1990 r. w sprawie szczegółowego trybu postępowania regulacyjnego ([link=http://aktyprawne.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=111683]M. P. z 1990 r. nr 5, poz. 39 ze zm.[/link]). Zarządzenie to wydano na podstawie ustawy z 1989 r. o stosunku państwa do Kościoła katolickiego.
– W konstytucyjnym katalogu źródeł prawa nie ma zarządzeń – zwraca uwagę dr Leszczyński. – Czy tak ważną sprawę publiczną może regulować akt prawa wewnętrznego, jakim jest zarządzenie? Należałoby je zastąpić rozporządzeniem MSWiA wydanym w porozumieniu z Konferencją Episkopatu Polski. Wymagałoby to jednak niewielkiej, co prawda, ale jednak zmiany ustawy o stosunku państwa do Kościoła katolickiego i wprowadzenia jasnej delegacji dla ministra do wydania takiego rozporządzenia.
To jest raczej mało prawdopodobne.