Uchodził za osobę biorącą na siebie odpowiedzialność za państwo i posiadającą herbertowskie „wyczucie smaku”.
Odszedł z rządu w maju 2006 r., gdy wicepremierem został Andrzej Lepper. Zrobił to, choć lider Samoobrony nie miał żadnego wpływu na MSZ, a prezydent do ostatniej chwili deklarował, że gorąco Mellera popiera. Przyzwyczajony do dyplomatycznej ogłady minister tym razem mówił dość ostro: – Ja, widząc Leppera na co dzień, mogę uwierzyć, że istotnie się zmienił. Pamięć Europejczyków sięga jednak początku lat 90. Trudno jest liczyć na zrozumienie dla Polski.
Latem 2006 r. podpisał list otwarty ośmiu byłych szefów MSZ krytykujący odwołanie udziału prezydenta w Trójkącie Weimarskim. „Odwołanie spotkania bez bardzo istotnej przyczyny jest lekceważące wobec partnerów” – upominali głowę państwa byli ministrowie. Oficjalnym powodem była bowiem nagła choroba. Nieoficjalnym – obraźliwy artykuł w niemieckiej gazecie. Stefan Meller podpisał list, licząc się z tym, iż utraci sympatię prezydenta, którą został obdarzony jako jeden z nielicznych dyplomatów z „kartelu Bronisława Geremka”. Był bowiem zawsze bliski Unii Wolności, a nie braci Kaczyńskich. Niektórzy uważali go nawet za liberalny kwiatek do kożucha PiS-owskiego rządu, który miał zaprzeczać ksenofobii tej partii.Karierę w MSZ Meller rozpoczął w 1993 r. w rządzie Hanny Suchockiej od stanowiska wicedyrektora Departamentu Europy. Wkrótce awansował na wiceministra. W latach 1996 – 2001 był ambasadorem Polski we Francji. W 2001 ponownie został wiceministrem – w rządzie Jerzego Buzka. Rok później wyjechał na placówkę do Moskwy i szefował jej aż do powstania rządu Marcinkiewicza.
PiS cenił Mellera za twardą postawę, którą wtedy zachował, choć stosunki Polski z Rosją stawały się coraz bardziej napięte. Polska w tym czasie wspomagała pomarańczową rewolucję na Ukrainie, a na Białorusi rozgorzał konflikt wokół Związku Polaków.
Odszedł z rządu PiS, gdy wicepremierem został Andrzej Lepper
