Bobola zwany też „bożym gwałtownikiem" w 1657 r., gdy zginął, miał 66 lat. Był „średniego wzrostu, o zwartej, muskularnej i silnej budowie ciała. Twarz miał okrągłą, pełną, policzki okraszone rumieńcem, przez jasną, przyprószoną siwizną fryzurę z lekka przeświecała łysina"; miał też brodę krótko przystrzyżoną. W ikonografii przedstawiany jest z laską w ręku, gdy przemierza bezdroża Pińszczyzny, albo z narzędziem zbrodni, którym zadano mu śmierć.
W połowie maja 1657 r. kozacy pod wodzą Zdanowicza zajęli Pińsk, mordując katolików, unitów i żydów. Z miasta zdołali uciec najbardziej zagrożeni jezuici, w tym ks. Andrzej Bobola, który ukrył się w na dworze w Peredyle. Dopadli go jednak tu kozacy, którym prawosławni wskazali go jako wielce im szkodzącego z powodu licznych przejść do unitów. Bobola zawleczony przez kozaków do Janowa Poleskiego został zatłuczony w rzeźni. Torturowany nie wyrzekł się wiary katolickiej, do czego go wzywano. Obcięto mu język, nos, uszy, zdzierano paznokcie, skórę z pleców na kształt ornatu, skórę z rąk, głowy, odcięto palce, przypalano ogniem, wydłubano oko, powieszono do góry nogami u sufitu, po dwóch godzinach odcięto sznur, by zadać ostatnie ciosy...
Ciało męczennika pochowano w krypcie kościoła Jezuitów w Pińsku. Generał zakonu był przekonany, że Bobola, i inny zakonnik, który zginął z rąk kozaków (Szymon Maffon) „otrzymali wieniec męczeństwa, gdyż [...] nie można wątpić, że zadano im śmierć z nienawiści do wiary".
Ksiądz Bobola energiczny, pełen temperamentu i uporu za życia nie pozwolił zapomnieć o sobie po śmierci. Gdy zdawało się, że pamięć o nim powoli odchodzi 16 kwietnia 1702 r., a zatem 45 lat po śmierci, ukazał się rektorowi kolegium pińskiego Marcinowi Godebskiemu. Najpierw zrobił mu wymówkę, że szuka wsparcia w kłopotach kolegium nie tam, gdzie trzeba, a następnie zapowiedział, że on sam otoczy je opieką, pod warunkiem że o. Godebski poleci odnaleźć jego ciało i umieści je oddzielnie od innych. Po otwarciu trumny okazało się, że ciało zakonnika nie uległo rozkładowi. Widoczne były na nim ślady tortur, w ranach zakrzepła, zdawało się, świeża krew, mięśnie nie straciły elastyczności.
Proroctwo dla Polski
Wieść o tym szybko rozniosła się po okolicy i do trumny Boboli zaczęli przybywać wierni, obdarzani za jego pośrednictwem łaskami i cudami. Od tego momentu rozpoczęła się historia kultu relikwii Andrzeja Boboli. Jezuici rozpoczęli przygotowania do procesu beatyfikacyjnego, który niestety trwał długo, bo aż do 1853 r., raz z powodu kłopotów samego zakonu, z kasatą włącznie, dwa – z uwagi na upadek niepodległej Rzeczypospolitej. Bobola musiał więc uczyć się cierpliwości także po śmierci. Długo też czekał na kanonizację (w 1938 r.) oraz ogłoszenia go patronem Polski. Bobola zapowiedział to już w 1819 r. dominikaninowi o. Alojzemu Korzeniewskiemu. Pokazał mu „film" z przyszłości: walczących na równinie pińskiej żołnierzy różnych narodowości, po czym zapowiedział, że gdy ta wojna się skończy, Polska zostanie odbudowana, a on zostanie jej głównym patronem.
Stało się to niemal 200 lat później, w 2002 r. Niemniej już w okresie międzywojennym uważano Bobolę za patrona Polski. W sierpniu 1920 r., gdy bolszewicy podchodzili pod Warszawę, kard. Aleksander Kakowski nakazał w kościołach modlitwy błagalne do Matki Bożej, bł. Władysława z Gielniowa i bł. Andrzeja Boboli, którego relikwię ręki niesiono w procesji 8 sierpnia po ulicach stolicy. Ciała męczennika jeszcze w Warszawie nie było. Znajdowało się wówczas w Połocku na Kresach, skąd dwa lata później zrabowali je bolszewicy i jako „osobliwość" umieścili w Muzeum Higieny w Moskwie. Rok później zgodzili się oddać relikwię Watykanowi w podzięce za pomoc żywnościową dla Rosji. Sowieci postawili jednak warunek: ciało nie może być transportowane przez Polskę i nigdy tu nie wróci. Istotnie, trumnę przewieziono do Rzymu drogą okrężną, ale drugiego warunku Pius XI, wcześniej nuncjusz apostolski w Polsce, nie zamierzał dotrzymywać. Na Wielkanoc 1938 r. kanonizował Bobolę, a już w czerwcu ciało świętego było w Warszawie. Powrót do Polski był triumfalny. Na placu Zamkowym ciało świętego jezuity w szklano-srebrnej trumnie witało 300 tys. osób.