Spór toczył się o sposób rozumienia art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT. Zgodnie z tym przepisem zwolnione od podatku jest otrzymane przez podatnika dofinansowanie, które spełnia dwa warunki. Po pierwsze, pochodzi od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych i przyznane zostało ze środków bezzwrotnej pomocy na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami lub organizacjami (również gdy przekazanie środków następuje za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania pomocy).
Po drugie, podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca wykonanie określonych czynności.
Od lat trwają spory między podatnikami a organami podatkowymi, czy pieniądze otrzymywane np. z Europejskiego Programu Społecznego korzystają z tego zwolnienia. Początkowo znaczna część urzędów wydawała interpretacje korzystne dla podatników. Tak było także w wypadku przedsiębiorcy, który był stroną w sprawie. Niestety, później Izba Skarbowa w Warszawie uznała, że dofinansowanie do szkoleń organizowanych przez jego firmę powinno być opodatkowane. Jej zdaniem środki pieniężne pochodzą bowiem z budżetu państwa, a dopiero później są refinansowane ze środków UE.
Sąd uznał jednak, że izba skarbowa nie miała prawa zmienić odpowiedzi urzędu.
– W tym wypadku można co najwyżej mówić o istnieniu różnych interpretacji przepisu. Nie jest to jednak rażące naruszenie prawa. Tym bardziej że wykładnia dokonana przez Izbę Skarbową nie wynika wprost z przepisów – podkreślił WSA.
Wyrok nie ma zastosowania do interpretacji wydawanych od 1 lipca 2007 r. Od tego dnia odpowiedzi udziela minister finansów. Także on ma prawo je zmieniać. Zgodnie z obecnymi przepisami minister może to zrobić, gdy uzna, że wcześniejsza odpowiedź jest nieprawidłowa. Przesłanki podjęcia takiej decyzji zostały więc bardzo złagodzone.
