Obrót nieruchomościami może w wielu przypadkach powodować wątpliwości przy ustaleniu konsekwencji w podatku od towarów i usług. Z jednej strony ustawa o VAT przewiduje bowiem zwolnienia dla dostaw niektórych nieruchomości, których nieprawidłowe zastosowanie niesie za sobą istotne konsekwencje zarówno dla sprzedawcy, jak i nabywcy. Z drugiej strony, transakcja zbycia nieruchomości może również, przy spełnieniu pewnych warunków, być transakcją zbycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części, do której nie mają zastosowania przepisy ustawy o VAT.
Jeżeli nieruchomość zostanie błędnie rozpoznana za niestanowiącą przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części i przy transakcji zostanie naliczony VAT należny, to po stronie nabywcy nie powstanie prawo do jego odliczenia. Z praktyki organów podatkowych wynika, że również po stronie sprzedawcy skorygowanie takiego rozliczenia VAT należnego może okazać się problematyczne. W odwrotnym przypadku - błędne uznanie nieruchomości za stanowiącą przedsiębiorstwo - problemy z fiskusem dotkną stronę zbywającą, która (nawet w dobrej wierze) nie zadeklarowała podatku należnego od transakcji. Dodatkowo, w każdej z tych sytuacji organ podatkowy ustali dodatkowe zobowiązanie podatkowe wynoszące zasadniczo 30 proc. (tzw. sankcja VAT).
Definicje
Przepisy ustawy o VAT nie definiują pojęcia przedsiębiorstwa. Zgodnie z art. 551 kodeksu cywilnego przedsiębiorstwo jest zorganizowanym zespołem składników niematerialnych i materialnych przeznaczonym do prowadzenia działalności gospodarcze i obejmuje w szczególności:
1. oznaczenie indywidualizujące przedsiębiorstwo lub jego wyodrębnione części (nazwa przedsiębiorstwa);
2. własność nieruchomości lub ruchomości, w tym urządzeń, materiałów, towarów i wyrobów, oraz inne prawa rzeczowe do nieruchomości lub ruchomości;
